PDB-4mh6: 2.8 Angstrom Crystal Structure of Type III Secretion Protein YscO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mh6

タイトル

2.8 Angstrom Crystal Structure of Type III Secretion Protein YscO from Vibrio parahaemolyticus

要素

Putative type III secretion protein YscO

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Type III secretion sytem,YscO / Type III secretion protein YscO / Helix Hairpins - #1700 / : / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION / Putative type III secretion protein YscO

機能・相同性情報

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.8 Angstrom Crystal Structure of Type III Secretion Protein YscO from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2013年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mh6.cif.gz	85.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mh6.ent.gz	66.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mh6_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mh6_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	4mh6_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	4mh6_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mh6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yl9-d 5lxn-2 3a7p-d 6l5h-d 3u1a-1 3f89-d 5lxo-3 4h22-1 3u1a-2 6hk9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp91505

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative type III secretion protein YscO

ヘテロ分子

21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.114, 149.114, 63.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- HOH
2	1	A-309- HOH

#1: タンパク質	Putative type III secretion protein YscO 分子量: 21322.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP1669, yscO / プラスミド: pMCSG7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Rosetta gami 2 / 参照: UniProt: Q87P49
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Protein: 2.28 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: JCSG+ (C9), 0.1M Sodium/Potasium phosphate pH 6.2, 25% (v/v) 1,2 Propanediol, 10% (v/v) Glycerol, VAPOR ...詳細: Protein: 2.28 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: JCSG+ (C9), 0.1M Sodium/Potasium phosphate pH 6.2, 25% (v/v) 1,2 Propanediol, 10% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.24 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Protein: 2.28 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: JCSG+ (C9), 0.1M Sodium/Potasium phosphate pH 6.2, 25% (v/v) 1,2 Propanediol, 10% (v/v) Glycerol, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 9084 / Num. obs: 9084 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 55.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 436 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.8.0046	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 17.508 / SU ML: 0.187
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24308	434	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18946	-	-	-
obs	0.19195	8645	99.69 %	-
all	-	8645	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.031 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1347	0	10	93	1450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.968	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.718	3	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.935	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.165	25	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.605	15	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.841	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.02	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.496	2.644	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.468	2.635	649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.262	3.951	816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.26	3.963	817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.759	3.149	744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.553	3.125	737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.917	4.531	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.74	21.218	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.69	21.086	1679

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	31	-
R_work	0.228	612	-
obs	-	612	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3504	0.3432	-4.8559	9.0621	2.6149	14.3558	0.7054	0.0144	-0.725	0.689	0.1062	-0.042	-0.4918	1.164	-0.8116	0.1324	-0.032	-0.0637	0.3355	-0.0044	0.3313	77.763	67.4306	8.9547
2	15.9124	-7.0514	6.9961	3.2442	-3.3688	4.2698	-0.0973	-0.0849	0.4335	-0.0259	-0.0692	-0.2064	0.0056	0.089	0.1665	0.1232	0.0432	-0.0589	0.1162	0.0424	0.1291	52.2364	80.4082	-5.3292
3	3.5354	-1.837	0.5631	1.9311	-2.3173	4.6456	0.0866	0.2819	0.1422	-0.0745	0.0509	-0.0046	-0.0903	-0.3926	-0.1375	0.1644	0.0192	-0.0359	0.2087	0.0219	0.0624	14.3296	97.7763	-35.604
4	11.0964	-8.6641	13.1862	7.1951	-10.4562	15.799	0.4088	0.5073	0.03	-0.4613	-0.498	-0.2682	0.6007	0.5245	0.0893	0.252	0.093	-0.0262	0.3386	0.0286	0.195	30.4649	86.7282	-27.2686
5	22.3615	-9.4056	19.8832	4.9004	-7.0656	22.8974	0.545	-0.6502	-0.5451	-0.3202	0.1464	0.3077	0.9523	-0.4487	-0.6914	0.124	0.0456	-0.0756	0.1253	0.0636	0.1712	59.4076	67.1211	4.3406
6	22.6848	-10.7728	21.0868	8.7766	-15.1524	26.8481	0.5118	0.4291	-0.5156	0.8284	0.3042	0.4869	-1.0102	-0.1805	-0.816	0.4252	0.2599	-0.0576	0.5411	-0.0306	0.1727	77.7614	59.0745	25.0901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - -1
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	0 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	134 - 148

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