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万見
- PDB-4mgp: Structure of racemic Ala-(8,13,18) Magainin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgp
タイトルStructure of racemic Ala-(8,13,18) Magainin 2
要素Magainin 2 Derivative
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / phenylalanine zipper
機能・相同性antimicrobial peptide biosynthetic process / extraorganismal space / regulation of defense response to virus / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / Magainins
機能・相同性情報
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hayouka, Z. / Mortenson, D.E. / Kreitler, D.F. / Weisblum, B. / Gellman, S.H. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Evidence for Phenylalanine Zipper-Mediated Dimerization in the X-ray Crystal Structure of a Magainin 2 Analogue.
著者: Hayouka, Z. / Mortenson, D.E. / Kreitler, D.F. / Weisblum, B. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magainin 2 Derivative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4841
ポリマ－2,4841
非ポリマー00
水905
1
A: Magainin 2 Derivative

A: Magainin 2 Derivative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9682
ポリマ－4,9682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.380, 53.459, 29.750
Angle α, β, γ (deg.)89.970, 90.070, 89.980
Int Tables number122
Space group name H-MI-42d
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Magainin 2 Derivative


分子量: 2483.989 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 83-105 / 変異: S8A, G13A, G18A / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P11006
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE RESIDUES ARE MODIFIED TO ALANINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Precipitant solution contained 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.6, and 35% v/v tert-butanol. No additional cryoprotectant was necessary for vitrification of crystals in LN2, VAPOR ...詳細: Precipitant solution contained 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.6, and 35% v/v tert-butanol. No additional cryoprotectant was necessary for vitrification of crystals in LN2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→26.72 Å / Num. obs: 2247 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 32.17
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.794.80.3743.974164.3
1.79-1.847.850.3034.64128176.2
1.84-1.8911.390.2687.96133185.8
1.89-1.9417.740.24312.39139199.3
1.94-1.9923.420.23115.061211100
1.99-2.0425.450.18718.87117199.2
2.04-2.126.980.16625.371231100
2.1-2.1727.350.13528.811291100
2.17-2.2527.630.1230.861251100
2.25-2.3427.910.11140.811211100
2.34-2.4427.420.11243.71191100
2.44-2.5527.280.10342.231131100
2.55-2.727.860.09646.521181100
2.7-2.8927.550.08251.51171100
2.89-3.1226.80.08749.941141100
3.12-3.4626.710.08554.721151100
3.46-4.0125.730.08852.551141100
4.01-5.1124.610.07846.581131100
5.11-26.7220.760.09137.11114197.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XPREP2008/2 for Windowsデータ削減
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
EMBLMD-2データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2MAG

2mag


解像度: 1.75→26.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.2748 / WRfactor Rwork: 0.2232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.6576 / SU B: 3.415 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.1255 / SU Rfree: 0.1213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 95 4.4 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.1983 2169 95.42 %-
all-2169 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.78 Å2 / Biso mean: 31.59 Å2 / Biso min: 17.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å2-0 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---1.27 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.086 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→26.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数163 0 0 5 168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.019172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.431.915230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1893400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.806523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84823.3336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.791530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0243
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.844 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 9 -
Rwork0.338 228 -
all-237 -
obs-228 73.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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