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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mgm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the in vitro transcribed G. kaustophilus tRNA-Gly | ||||||
![]() | tRNA glycine | ||||||
![]() | RNA / RNA-RNA complex / base stacking / T-loop / RNA binding | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grigg, J.C. / Ke, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Determinants for Geometry and Information Decoding of tRNA by T Box Leader RNA. 著者: Grigg, J.C. / Ke, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 417.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: chain B) / NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'B') |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24172.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: in vitro transcribed. Occurs naturally in Geobacillus kaustophilus #2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 75mM NaCl, 2mM CoCl2, 50mM sodium cacodylate, 0.5mM spermine, 30% w/v 1,6-Hexanediol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→35 Å / Num. obs: 8419 / % possible obs: 82.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 62.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3L0U 解像度: 3.2→33.169 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 98.3276 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→33.169 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 1384 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 5.757 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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