[日本語] English
万見
- PDB-4mg3: Crystal Structural Analysis of 2A Protease from Coxsackievirus A16 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mg3
タイトルCrystal Structural Analysis of 2A Protease from Coxsackievirus A16
要素Protease 2A
キーワードHYDROLASE / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Sun, Y. / Wang, X. / Dang, M. / Yuan, S.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: An open conformation determined by a structural switch for 2A protease from coxsackievirus A16.
著者: Sun, Y. / Wang, X. / Yuan, S. / Dang, M. / Li, X. / Zhang, X.C. / Rao, Z.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protease 2A
B: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3636
ポリマ－31,8722
非ポリマー4914
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.271, 101.271, 193.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-312-

HOH

21B-349-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protease 2A


分子量: 15935.845 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 863-1007 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
株: Tainan/5079/98 / 遺伝子: 2A / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9QF31, picornain 2A
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M HEPES-Na (pH 7.5), 18% (w/v) PEG 400, hanging drop, temperature 289K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 35773 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 19.38 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.8-1.861100
1.86-1.941100
1.94-2.031100
2.03-2.131100
2.13-2.271100
2.27-2.44198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å35.47 Å
Translation2.5 Å35.47 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 35772
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.46-10029.20.618504
5.92-7.4629.10.784524
5.06-5.9225.70.804629
4.49-5.0617.50.867718
4.08-4.4919.60.843790
3.76-4.0818.70.837856
3.51-3.7618.50.803912
3.3-3.5120.50.802987
3.13-3.318.70.7941031
2.98-3.1320.20.7841075
2.85-2.9821.10.7811136
2.73-2.85210.7781173
2.63-2.7322.50.7721245
2.54-2.6323.80.7711264
2.46-2.5422.50.781315
2.38-2.4624.20.751374
2.32-2.3822.80.7841387
2.25-2.3224.30.7481416
2.2-2.2521.10.7721485
2.14-2.222.80.7521502
2.09-2.1423.90.7611544
2.05-2.0923.80.7511576
2-2.0524.80.7421616
1.96-227.10.7071652
1.92-1.9627.60.7091668
1.89-1.9226.90.7011707
1.85-1.8929.90.6851743
1.8-1.8537.70.6242943

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
直接法6.2位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.798→35.47 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8613 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 1789 5 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
obs0.1749 35767 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.051 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 105.27 Å2 / Biso mean: 27.4112 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2804 Å2-0 Å20 Å2
2---4.2804 Å20 Å2
3---8.5609 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→35.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2214 0 26 296 2536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2683112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.122334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.013813
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7985-1.84710.28031430.2032576271999
1.8471-1.90150.21131230.180525992722100
1.9015-1.96280.26051220.176725892711100
1.9628-2.0330.2371540.172225852739100
2.033-2.11440.20361250.173726022727100
2.1144-2.21060.20791630.172525742737100
2.2106-2.32710.23991320.176426132745100
2.3271-2.47290.20841420.175626002742100
2.4729-2.66370.22321310.181526282759100
2.6637-2.93170.2221480.192425942742100
2.9317-3.35560.2051390.185526492788100
3.3556-4.22660.16971400.154826472787100
4.2266-35.47650.16931270.16412722284998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0873-0.92910.24930.789-0.11760.9171-0.01590.06430.2219-0.08220.0095-0.0654-0.00530.10880.01690.1118-0.0077-0.01910.13610.02910.172268.0159-9.710213.4472
21.581-0.2611-0.72821.0073-0.34680.53920.0812-0.19070.2771-0.04120.0597-0.3757-0.1080.0338-0.06260.1678-0.02620.00980.1604-0.02280.218161.58794.427114.6648
31.2595-0.0751-0.19310.4898-0.22420.5941-0.1490.1303-0.4063-0.0010.17390.13590.0694-0.1031-0.00990.143-0.02970.02540.2294-0.0010.219851.1233-11.13115.6354
41.0797-0.9043-0.57750.89090.3030.4870.04430.03630.1234-0.04430.0715-0.0668-0.0853-0.018-0.070.1092-0.0087-0.01160.1410.00780.137855.5564-0.245613.8579
50.31850.17150.09510.12850.03950.03240.0372-0.7586-0.11620.45730.2106-0.27870.343-0.186-0.05850.25360.0595-0.11370.3632-0.04580.220367.4015-5.111325.5751
60.5883-0.2844-0.11290.5104-0.03910.32070.0437-0.14240.2903-0.0165-0.14440.4245-0.1351-0.24520.04170.09970.0552-0.02770.1424-0.08320.300719.20181.432218.1056
71.13050.5941-0.23521.39230.39920.58540.0591-0.00210.08810.0255-0.07950.0821-0.15260.07240.01420.14640.0267-0.00990.12030.00830.081433.52892.751417.7765
80.84870.2264-0.13070.75690.14010.42650.0497-0.01920.0261-0.0471-0.1323-0.0811-0.13530.04580.03810.18130.0189-0.01080.13160.02030.110733.32554.8618.3084
91.4668-0.39460.66570.1066-0.18080.57390.07280.28970.2923-0.4327-0.08110.2542-0.0450.0520.02370.27350.0697-0.12660.23980.0170.227322.34785.98996.8415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:44)A4 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 45:75)A45 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 76:97)A76 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 98:136)A98 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 137:145)A137 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 1:44)B1 - 44
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 45:106)B45 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 107:136)B107 - 136
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 137:145)B137 - 145

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る