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- PDB-4mfg: 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Carbonic An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mfg
タイトル2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Carbonic Anhydrase from Clostridium difficile.
要素Putative acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Single-stranded left-handed beta-helix / gamma-carbonic anhydrase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Putative acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Carbonic Anhydrase from Clostridium difficile.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acyltransferase
B: Putative acyltransferase
C: Putative acyltransferase
D: Putative acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,69010
ポリマ－73,4074
非ポリマー2836
水7,314406
1
A: Putative acyltransferase
B: Putative acyltransferase
C: Putative acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2557
ポリマ－55,0553
非ポリマー2004
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
2
D: Putative acyltransferase
ヘテロ分子

D: Putative acyltransferase
ヘテロ分子

D: Putative acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3049
ポリマ－55,0553
非ポリマー2496
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.089, 127.089, 76.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-201-

MG

21A-405-

HOH

31D-385-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative acyltransferase / Putative Carbonic Anhydrase


分子量: 18351.639 Da / 分子数: 4 / 断片: Putative Carbonic Anhydrase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_27480 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q183I2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 2.7mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 12.5mM Suberic acid, 12.5mM Sebcic acid, 12.5mM Hexadecanedioic acid, 12.5mM Dodecanedioic acid, 40% Ethanol, 0.1M Hepes pH ...詳細: Protein: 2.7mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 12.5mM Suberic acid, 12.5mM Sebcic acid, 12.5mM Hexadecanedioic acid, 12.5mM Dodecanedioic acid, 40% Ethanol, 0.1M Hepes pH 7.5, 2% MPD, 20% (w/v) PEG 3350; Cryo: paratone., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月5日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 47926 / Num. obs: 47926 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2398 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.8.0046精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XHD

1xhd


解像度: 2→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 12 / SU ML: 0.168
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26663 2416 5.1 %RANDOM
Rwork0.21158 ---
all0.21439 45299 --
obs0.21439 45299 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.45 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----2.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5152 0 6 406 5564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9627309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.785311894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7625698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4426.271236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97115963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2291516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.026204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5061.7172759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5051.7162758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1992.5623468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1982.5633469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4122.0122639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3972.0092633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3222.9163841
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.83815.3096560
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.62814.8186410
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 192 -
Rwork0.296 3323 -
obs-3323 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.8316-0.6283-3.87174.4935-3.36025.9467-0.35160.5824-0.1109-0.03170.2765-0.00480.37420.28780.0750.13360.12490.02310.3503-0.01930.0313-57.141429.065315.1269
26.317-1.0078-2.1563.7081-2.11893.93360.053-0.23030.00220.2761-0.08440.22350.066-0.74550.03140.3493-0.05850.03770.6454-0.110.1289-46.269417.148712.4188
31.5461-0.3392-0.04021.75490.44574.76060.04310.0572-0.08580.2395-0.13390.21980.2099-1.03650.09080.12680.01650.03660.318-0.02410.0416-45.005917.22584.3079
41.82530.298-0.70351.7026-0.33535.0049-0.08550.1339-0.0994-0.01390.02920.0850.5463-1.26910.05630.158-0.0563-0.01170.4034-0.04960.0578-45.660813.9631-10.3596
50.8074-0.642.25494.2536-5.533527.0209-0.0213-0.0244-0.0902-0.248-0.2025-0.09590.8015-0.59960.22380.2362-0.15080.06740.1516-0.04430.0807-47.33740.264-5.967
66.2043-6.16112.73417.2129-7.470421.929-0.4377-0.92670.2230.27010.9297-0.0710.6368-0.441-0.49210.3917-0.09370.01110.2484-0.01390.0892-42.61741.8079.815
78.05132.9779-1.9855.9674-0.948711.8866-0.28390.28010.0678-0.76330.1703-0.08940.2205-1.10030.11360.1724-0.0831-0.02120.2609-0.04820.0569-9.350335.519914.9881
83.7485-0.74021.17045.78783.39772.7638-0.0794-0.53610.66830.073-0.25060.0816-0.1767-0.28620.330.6933-0.15220.01930.504-0.07350.1434-27.160734.266714.1032
91.1180.08920.49531.0435-0.23944.5506-0.1893-0.02910.18960.0140.0096-0.0732-1.2810.44710.17980.368-0.1313-0.05420.1612-0.01170.0579-26.155532.10292.0412
104.44850.20250.82581.54430.45274.1776-0.26870.29080.0593-0.2650.09980.0481-1.16130.46840.16890.3478-0.1299-0.05780.14490.01890.0318-26.623131.0841-10.9175
112.5368-0.759-1.59524.76420.71047.25230.09240.0084-0.0484-0.8193-0.1020.1003-1.832-0.22160.00960.6860.0325-0.10050.21450.04770.1343-32.87237.3016-16.4713
122.92820.8037-1.86081.4467-2.93416.5053-0.3214-0.54590.16650.7070.10970.05-1.8868-0.4640.21181.18930.4573-0.19930.5119-0.18040.396-40.241638.26814.8154
132.50462.502-0.33318.6771-2.30050.7020.20170.1962-0.41010.0497-0.2323-0.21860.05970.15070.03060.56410.0499-0.02340.34480.06410.1305-24.9726-4.172214.8214
142.652-0.03920.33341.2683-0.39535.0456-0.0354-0.1997-0.15870.0653-0.1238-0.14490.88210.81330.15920.26280.09480.01730.24380.07070.0379-23.34438.29236.272
151.54280.5069-0.32953.3727-1.1816.156-0.0472-0.0877-0.0708-0.2251-0.1393-0.09031.01541.07210.18650.22720.17030.05070.21870.0480.0252-21.7288.2701-6.9277
1629.06639.69832.50768.72385.91755.28880.20320.5817-0.59750.0585-0.0392-0.34840.45950.1297-0.1640.57770.33070.00370.2980.05560.0547-19.11073.732-16.3743
179.4586-0.10023.51661.21930.11285.8582-0.1370.30040.0764-0.2694-0.03820.12090.48051.53440.17520.29070.14630.09880.59540.08510.131-13.451613.2823-15.6312
181.05930.43321.23544.4284.728819.26920.0328-0.00060.20360.6623-0.2717-0.53660.76940.97030.2390.15540.0117-0.06180.57870.0730.1709-10.053716.85016.5845
198.18453.11332.58897.8354-0.36213.2963-0.18930.8546-0.1125-0.00080.0308-0.2532-0.9941-0.27410.15850.20290.084-0.05120.2542-0.00590.0285-36.236226.9425-23.0708
200.6817-0.11270.4411.7294-0.02452.8138-0.0324-0.04650.04730.2323-0.0878-0.226-0.18590.87880.12030.1858-0.0252-0.05280.35310.03530.0828-49.548839.4802-32.3828
215.50573.35362.62258.6981.67062.67860.0803-0.3378-0.0249-0.141-0.2779-0.4288-0.24190.95150.19760.2807-0.1478-0.02460.92110.13950.1464-47.784840.8913-43.7
221.3896-0.5915-0.80811.36190.10783.26850.05550.04820.1158-0.0446-0.0816-0.05-0.27590.81870.02610.119-0.0395-0.00360.27310.0470.0691-50.288741.0519-51.9227
232.4011.8404-5.11772.5539-0.409923.3765-0.0991-0.2446-0.0117-0.0301-0.2820.0343-0.29030.79670.38110.2563-0.193-0.06740.23050.08380.1234-48.284456.2719-47.4272
249.3341-6.2576-9.06244.73384.937511.4225-0.4896-0.77110.07270.53930.4584-0.01950.19920.91240.03120.467-0.0750.02160.18640.00260.1768-53.319354.1904-28.3701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3A30 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4A69 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5A145 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6A155 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7B-2 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8B9 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9B21 - 94
10X-RAY DIFFRACTION10B95 - 122
11X-RAY DIFFRACTION11B123 - 147
12X-RAY DIFFRACTION12B148 - 165
13X-RAY DIFFRACTION13C-3 - 15
14X-RAY DIFFRACTION14C16 - 67
15X-RAY DIFFRACTION15C68 - 121
16X-RAY DIFFRACTION16C122 - 128
17X-RAY DIFFRACTION17C129 - 149
18X-RAY DIFFRACTION18C150 - 165
19X-RAY DIFFRACTION19D-3 - 6
20X-RAY DIFFRACTION20D7 - 81
21X-RAY DIFFRACTION21D82 - 94
22X-RAY DIFFRACTION22D95 - 139
23X-RAY DIFFRACTION23D140 - 154
24X-RAY DIFFRACTION24D155 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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