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万見
- PDB-4mee: Crystal structure of the transport unit of the autotransporter AI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mee
タイトルCrystal structure of the transport unit of the autotransporter AIDA-I from Escherichia coli
要素Diffuse adherence adhesin
キーワードPROTEIN BINDING / Beta barrel / outer membrane protein / Autotransporter
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / cell adhesion / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Autotransporter beta-domain / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain ...Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Autotransporter beta-domain / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diffuse adherence adhesin / AIDA-I autotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gawarzewski, I. / Tschapek, B. / Hoeppner, A. / Smits, S.H. / Jose, J. / Schmitt, L.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the transport unit of the autotransporter adhesin involved in diffuse adherence from Escherichia coli.
著者: Gawarzewski, I. / DiMaio, F. / Winterer, E. / Tschapek, B. / Smits, S.H. / Jose, J. / Schmitt, L.
履歴
登録2013年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diffuse adherence adhesin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9521
ポリマ－50,9521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.330, 85.850, 134.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diffuse adherence adhesin


分子量: 50952.492 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (unp residues 841-1287) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aidA / プラスミド: pJM007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UT5600 / 参照: UniProt: D7PPP4, UniProt: Q03155*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate, and 27.5 % (v/v) PEG 2000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月2日
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 9173 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.15-3.20.4463.3194.3
3.2-3.30.3144.4194.2
3.3-3.40.2815194.1
3.4-3.50.1996.9193.8
3.5-40.12111.2193.4
4-500.05323190.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
Rosettaモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→39.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 47.436 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30639 493 5.1 %RANDOM
Rwork0.24777 ---
obs0.25061 9183 97.85 %-
all-8556 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.524 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.09 Å20 Å20 Å2
2--3.81 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2234 0 0 0 2234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192287
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9113105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2745299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.08925.755106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.41415333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.06155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7974.071208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1626.1021503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1294.1521079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.69832287
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.03652243
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 33 -
Rwork0.334 679 -
obs--98.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.7413 Å / Origin y: 5.7019 Å / Origin z: -18.3516 Å
111213212223313233
T0.0327 Å20.0182 Å2-0.0059 Å2-0.1091 Å2-0.0361 Å2--0.0414 Å2
L1.9693 °21.126 °20.6228 °2-2.2289 °21.1627 °2--1.7715 °2
S-0.0705 Å °0.3151 Å °-0.1431 Å °-0.0283 Å °0.158 Å °-0.0853 Å °-0.0117 Å °0.09 Å °-0.0875 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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