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- PDB-4me9: Crystal structure of a transcriptional regulator, TetR family (BC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4me9
タイトルCrystal structure of a transcriptional regulator, TetR family (BCE_2991) from Bacillus cereus ATCC 10987 at 2.50 A resolution
要素Transcriptional regulator, TetR family
キーワードTranscription regulator / TetR_N domain / PF00440 family / tetracyclin repressor-like / C-terminal domain fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / TRANSCRIPTION DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


HTH-type transcriptional repressor, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...HTH-type transcriptional repressor, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transcriptional regulator, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a transcriptional regulator, TetR family (BCE_2991) from Bacillus cereus ATCC 10987 at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, TetR family
B: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1654
ポリマ－44,0352
非ポリマー1302
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.540, 73.540, 96.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, TetR family


分子量: 22017.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_2991, NP_979294.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q736B0
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 1-188 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.4M KH2PO4, 1.6M NaH2PO4, 0.1M Phosphate Citrate pH 4.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97917,0.91837,0.97845
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月22日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979171
20.918371
30.978451
反射解像度: 2.5→26.002 Å / Num. all: 17497 / Num. obs: 17497 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.573.60.851.6468313000.8599
2.57-2.643.60.662454712650.6699.4
2.64-2.713.50.5452.4417712010.54598.3
2.71-2.830.4652.6358411910.46597.1
2.8-2.893.40.3483.5398011710.34898.6
2.89-2.993.80.2924.4423011040.29299.6
2.99-3.13.80.2355.4410810910.23599.7
3.1-3.233.80.1946.4397510590.19499.2
3.23-3.373.70.1477.936459820.14798.7
3.37-3.543.70.09611.235329550.09698.6
3.54-3.733.60.08812.232509020.08898.4
3.73-3.953.30.07513.327618330.07596.6
3.95-4.2330.05814.722917670.05894.4
4.23-4.563.80.04920.529257680.04999.4
4.56-53.80.05119.426206930.05199.7
5-5.593.80.05718.324166380.05799.6
5.59-6.463.50.06515.319535590.06598
6.46-7.913.20.0611714314530.06195
7.91-11.183.70.0392813743670.03998.5
11.18-26.0023.90.0429.17761980.0492.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→26.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9246 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8967 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS WERE INCLUDED DURING REFINEMENT TO IMPROVE THE ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF ...詳細: 1. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS WERE INCLUDED DURING REFINEMENT TO IMPROVE THE ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5. CHLORIDE (CL) AND PHOSPHATE (PO4) MOLECULE FROM THE PURIFICATION AND CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 6. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED DURING REFINEMENT USING LSSR (-AUTONCS) IN BUSTER. 7. MAD PHASE RESTRAINTS WERE USED DURING REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 894 5.12 %RANDOM
Rwork0.2054 ---
obs0.2072 17458 98.24 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.27 Å2 / Biso mean: 55.7874 Å2 / Biso min: 19.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5621 Å20 Å20 Å2
2---2.5621 Å20 Å2
3---5.1243 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.365 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2947 0 6 88 3041
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1667SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes856HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5928HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion413SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6311SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5928HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10721HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.04
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 153 5.42 %
Rwork0.2126 2668 -
all0.2149 2821 -
obs--98.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.164-0.1162-0.19151.08760.28532.87130.03010.10540.221-0.1272-0.0012-0.0764-0.44550.1861-0.0289-0.0606-0.0282-0.007-0.16440.0197-0.07711.4419.521-6.3589
20.7268-1.17030.34254.2007-2.33981.6745-0.17140.05090.26240.44280.2257-0.094-0.3047-0.0906-0.0543-0.0164-0.02380.0062-0.18410.0098-0.07380.661140.35974.5913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|188 }A1 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|188 }B3 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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