PDB-4mdu: Crystal structure of apo-Annexin (Sm)1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mdu

タイトル

Crystal structure of apo-Annexin (Sm)1

要素

Annexin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / annexin / calcium-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipid binding / calcium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Hofmann, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and immunological properties of the first annexin from Schistosoma mansoni: insights into the structural integrity of the schistosomal tegument.
著者: Leow, C.Y. / Willis, C. / Osman, A. / Mason, L. / Simon, A. / Smith, B.J. / Gasser, R.B. / Jones, M.K. / Hofmann, A.

履歴

登録	2013年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月18日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mdu.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mdu.ent.gz	245.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4mdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4mdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mdvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vth-1 5npq-d 4yrl-1 1j1c-d 4zg9-2 4ypf-1 4mdv-d 5cyk-d 5teh-d 4i0e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Annexin

B: Annexin

85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.729, 87.838, 68.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Annexin 分子量: 42815.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: annexin (Sm)1, Smp_074150.1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: C4QH88
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.5% PEG2000, 50 mM TRIS, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 1.37764, 0.953759

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月25日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.37764	1
2	0.953759	1

反射

解像度: 2.2→24.2 Å / Num. obs: 38248 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / R_sym value: 0.081

反射シェル

最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 7.6 % / R_sym value: 0.606 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→24.2 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	1916	5.02 %
R_work	0.1897	-	-
obs	0.1924	36312	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.584 Å² / k_sol: 0.381 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.0382 Å²	0 Å²	-3.7646 Å²
2-	-	-8.297 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.2588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5717	0	0	188	5905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	7838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.16	2214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	884
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	997

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2278	0.3365	161	0.2546	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2278-2.2571	0.3815	145	0.2844	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2571-2.288	0.3261	139	0.2829	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.288-2.3207	0.3115	141	0.2371	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3207-2.3553	0.3065	138	0.2366	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3553-2.3921	0.289	123	0.2146	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3921-2.4313	0.261	151	0.2192	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4313-2.4731	0.275	158	0.222	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4731-2.5181	0.3126	128	0.2058	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5181-2.5664	0.289	132	0.2265	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5664-2.6188	0.3062	145	0.2037	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6188-2.6756	0.3114	160	0.2269	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6756-2.7378	0.3759	126	0.2292	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7378-2.8062	0.2829	103	0.2199	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8062-2.8819	0.2982	127	0.2172	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8819-2.9666	0.2544	154	0.212	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9666-3.0622	0.2896	139	0.2081	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0622-3.1714	0.2791	124	0.2145	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1714-3.2981	0.2862	146	0.2021	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2981-3.4478	0.2527	150	0.2024	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4478-3.629	0.3134	107	0.1878	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.629-3.8555	0.2084	151	0.1702	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8555-4.1518	0.1871	131	0.1482	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1518-4.5671	0.1749	171	0.1346	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5671-5.2222	0.1749	144	0.1469	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2222-6.5577	0.227	147	0.1985	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5577-24.2119	0.1811	127	0.1591	2660	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8273	-0.1471	0.1393	0.7089	-0.0362	0.5957	-0.107	-0.0025	-0.0396	-0.0406	0.1631	-0.0506	-0.1725	-0.0031	-0	0.2401	-0.0002	0.0019	0.2207	0.0025	0.2016	14.5583	68.8625	3.9788
2	0.6318	-0.4398	0.2308	0.49	-0.104	0.4837	0.0234	-0.0193	-0.0693	0.0301	-0.0504	0.0697	0.0264	-0.0134	0	0.1538	-0.0121	0.0159	0.1472	0.0136	0.1675	-10.399	59.0065	32.3712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	7 - 363
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	6 - 365

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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