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万見
- PDB-4md2: Ground state of bacteriorhodopsin from Halobacterium salinarum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4md2
タイトルGround state of bacteriorhodopsin from Halobacterium salinarum
要素Bacteriorhodopsin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / seven transmembrane helix/Bacterial rhodopsins / proton pumping / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / RETINAL / Chem-SQL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. NRC-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Borshchevskiy, V. / Erofeev, I. / Round, E. / Weik, M. / Ishchenko, A. / Gushchin, I. / Mishin, A. / Bueldt, G. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Low-dose X-ray radiation induces structural alterations in proteins.
著者: Borshchevskiy, V. / Round, E. / Erofeev, I. / Weik, M. / Ishchenko, A. / Gushchin, I. / Mishin, A. / Willbold, D. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2013年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.22020年1月29日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,26621
ポリマ－26,8141
非ポリマー12,45220
水90150
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,79963
ポリマ－80,4433
非ポリマー37,35660
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area22490 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.910, 60.910, 110.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium sp. NRC-1 (好塩性) / 株: S9 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物
ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#3: 化合物 ChemComp-SQL / (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene / squalene / 2,6,10,15,19,23-ヘキサメチル-2,6,10,14,18,22-テトラコサヘキサエン


分子量: 410.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H50
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: in meso / pH: 5.6
詳細: Crystals were obtained in a lipidic cubic phase of monoolein, pH 5.6, in meso, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月15日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→23.44 Å / Num. all: 22537 / Num. obs: 22537 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3333 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1c3w

1c3w


解像度: 1.73→23.44 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 1161 -Random
Rwork0.139 ---
all0.142 22531 --
obs0.142 22531 93.41 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→23.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 189 50 1976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d_prot0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d_prot1.6
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d_prot11.95
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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