[日本語] English
万見
- PDB-4mcd: hinTrmD in complex with 5-PHENYLTHIENO[2,3-D]PYRIMIDIN-4(3H)-ONE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mcd
タイトルhinTrmD in complex with 5-PHENYLTHIENO[2,3-D]PYRIMIDIN-4(3H)-ONE
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / trefoil / TrmD / SAM / SAH / Sinefungin / HMT / Structural Genomics / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-phenylthieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Lahiri, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Selective Inhibitors of Bacterial t-RNA-(N(1)G37) Methyltransferase (TrmD) That Demonstrate Novel Ordering of the Lid Domain.
著者: Hill, P.J. / Abibi, A. / Albert, R. / Andrews, B. / Gagnon, M.M. / Gao, N. / Grebe, T. / Hajec, L.I. / Huang, J. / Livchak, S. / Lahiri, S.D. / McKinney, D.C. / Thresher, J. / Wang, H. / ...著者: Hill, P.J. / Abibi, A. / Albert, R. / Andrews, B. / Gagnon, M.M. / Gao, N. / Grebe, T. / Hajec, L.I. / Huang, J. / Livchak, S. / Lahiri, S.D. / McKinney, D.C. / Thresher, J. / Wang, H. / Olivier, N. / Buurman, E.T.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8072
ポリマ－27,5791
非ポリマー2281
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6144
ポリマ－55,1572
非ポリマー4572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area7070 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.345, 93.345, 178.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

HOH

21A-496-

HOH

31A-524-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 27578.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tet r.
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
株: ATCC51907 / 遺伝子: HI_0202, trmD / プラスミド: pET system / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3
参照: UniProt: P43912, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-22L / 5-phenylthieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one


分子量: 228.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8N2OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein at 10 mg/mL in the buffer: 20mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM DTT, 1mM EDTA. mixed 1:1 with well solution containing: 200 mM CaAcetate, 24% PEG 400, 100 mM Sodium ...詳細: Protein at 10 mg/mL in the buffer: 20mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM DTT, 1mM EDTA. mixed 1:1 with well solution containing: 200 mM CaAcetate, 24% PEG 400, 100 mM Sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.287→30.124 Å / Num. obs: 43053 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rsym value: 0.186 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.032 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.55-1.638.10.24865059953.22595.1
1.63-1.7310.60.36231759032.63898.7
1.73-1.8510.60.55866855461.63298.9
1.85-210.60.95509251990.8399.1
2-2.1910.61.85112748210.42399.4
2.19-2.4510.634651243720.25499.4
2.45-2.8310.64.54117238710.16499.7
2.83-3.4710.653498833040.12599.8
3.47-4.910.58.52719725970.07399.9
4.9-30.1249.9151426714450.04297.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC5.5.0046精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→30.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.947 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 2113 5.1 %RANDOM
Rwork0.2053 ---
obs0.2068 41769 95.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.86 Å2 / Biso mean: 28.122 Å2 / Biso min: 11.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20.52 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1872 0 16 206 2094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.9832611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84933243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1415235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94823.72186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.28315341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5071515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7461.51174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1641.5482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44221888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1783756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7274.5723
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 99 -
Rwork0.402 1983 -
all-2082 -
obs--65.57 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.0803 Å / Origin y: 69.7257 Å / Origin z: 59.7586 Å
111213212223313233
T0.0119 Å2-0.003 Å2-0.0017 Å2-0.0038 Å2-0.0037 Å2--0.0312 Å2
L0.1005 °2-0.0975 °20.1277 °2-0.2882 °2-0.4188 °2--0.8929 °2
S-0.0176 Å °-0.0075 Å °0.0097 Å °0.0054 Å °0.0005 Å °-0.0284 Å °-0.0509 Å °0.0289 Å °0.0172 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A401 - 606
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION1A1 - 246

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る