ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHENIX | dev_1458精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | SERGUI | | データ収集 | | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4009→39.767 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8277 / SU ML: 0.27 / σ(F): 39.36 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2201 | 3220 | 5.07 % | Random |
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Rwork | 0.1744 | - | - | - |
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obs | 0.1768 | 63465 | 99.95 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 130.03 Å2 / Biso mean: 56.0313 Å2 / Biso min: 18.18 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4009→39.767 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 9263 | 0 | 12 | 248 | 9523 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 9495 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.24 | 12822 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.051 | 1420 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 1619 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.77 | 3533 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.4009-2.4368 | 0.2944 | 139 | 0.2475 | 2653 | 2792 | 100 | 2.4368-2.4748 | 0.3011 | 121 | 0.2419 | 2592 | 2713 | 100 | 2.4748-2.5154 | 0.3132 | 142 | 0.2357 | 2615 | 2757 | 100 | 2.5154-2.5588 | 0.2787 | 140 | 0.2304 | 2603 | 2743 | 100 | 2.5588-2.6053 | 0.2902 | 129 | 0.2245 | 2611 | 2740 | 100 | 2.6053-2.6554 | 0.3368 | 142 | 0.2376 | 2599 | 2741 | 100 | 2.6554-2.7096 | 0.281 | 129 | 0.2252 | 2637 | 2766 | 100 | 2.7096-2.7685 | 0.3043 | 123 | 0.2212 | 2639 | 2762 | 100 | 2.7685-2.8329 | 0.2534 | 150 | 0.1996 | 2575 | 2725 | 100 | 2.8329-2.9037 | 0.2485 | 136 | 0.2131 | 2643 | 2779 | 100 | 2.9037-2.9822 | 0.2632 | 146 | 0.2018 | 2617 | 2763 | 100 | 2.9822-3.0699 | 0.2641 | 155 | 0.1994 | 2599 | 2754 | 100 | 3.0699-3.1689 | 0.2409 | 137 | 0.1901 | 2606 | 2743 | 100 | 3.1689-3.2822 | 0.2199 | 118 | 0.175 | 2630 | 2748 | 100 | 3.2822-3.4135 | 0.2395 | 151 | 0.1824 | 2600 | 2751 | 100 | 3.4135-3.5688 | 0.202 | 164 | 0.1696 | 2609 | 2773 | 100 | 3.5688-3.7568 | 0.2034 | 153 | 0.1597 | 2609 | 2762 | 100 | 3.7568-3.992 | 0.2034 | 131 | 0.1576 | 2640 | 2771 | 100 | 3.992-4.2998 | 0.1762 | 139 | 0.1508 | 2599 | 2738 | 100 | 4.2998-4.7319 | 0.172 | 142 | 0.1339 | 2634 | 2776 | 100 | 4.7319-5.4152 | 0.1751 | 149 | 0.1423 | 2637 | 2786 | 100 | 5.4152-6.817 | 0.2646 | 153 | 0.1959 | 2630 | 2783 | 100 | 6.817-39.7724 | 0.1711 | 131 | 0.146 | 2668 | 2799 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 33.4118 Å / Origin y: -63.8095 Å / Origin z: -25.8935 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.2051 Å2 | -0.035 Å2 | 0.0064 Å2 | - | 0.2434 Å2 | -0.0073 Å2 | - | - | 0.1502 Å2 |
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L | 1.4312 °2 | 0.6711 °2 | 0.069 °2 | - | 0.7079 °2 | -0.1215 °2 | - | - | 0.1695 °2 |
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S | -0.0571 Å ° | -0.0785 Å ° | -0.0074 Å ° | -0.0877 Å ° | 0.0369 Å ° | 0.0073 Å ° | 0.0261 Å ° | -0.053 Å ° | -0 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA14 - 298 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB14 - 299 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC14 - 300 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD14 - 303 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD - B | 1 - 401 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB - A | 1 - 458 | | | | | | | | | | |
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