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万見
- PDB-4mb8: Evolutionary history and metabolic insights of ancient mammalian ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mb8
タイトルEvolutionary history and metabolic insights of ancient mammalian uricases
要素Uricase尿酸オキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Uric acid oxidase (尿酸オキシダーゼ) / lysozome
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / ペルオキシソーム
類似検索 - 分子機能
尿酸オキシダーゼ / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / 尿酸オキシダーゼ / 尿酸オキシダーゼ / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / 尿酸オキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種unclassified Mammalia (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4009 Å
データ登録者Ortlund, E.O. / Murphy, M.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Evolutionary history and metabolic insights of ancient mammalian uricases.
著者: Kratzer, J.T. / Lanaspa, M.A. / Murphy, M.N. / Cicerchi, C. / Graves, C.L. / Tipton, P.A. / Ortlund, E.A. / Johnson, R.J. / Gaucher, E.A.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32014年7月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num ..._entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.62024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
B: Uricase
C: Uricase
D: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,4627
ポリマ－140,2854
非ポリマー1773
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25360 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area42960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.778, 143.778, 138.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Uricase / 尿酸オキシダーゼ


分子量: 35071.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unclassified Mammalia (哺乳類)
遺伝子: Phylogenetically predicted sequence for the mammalian uricase ancestor, UOX
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5FZI9*PLUS, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% MPD, 40 mM MgCl2, and 50 mM sodium cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 63527 / Num. obs: 63527 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 45.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.494.70.47663141.0271100
2.49-2.595.10.38563201.0461100
2.59-2.75.30.29263391.0731100
2.7-2.855.30.21663141.0811100
2.85-3.025.30.15663351.0951100
3.02-3.265.30.10663640.9941100
3.26-3.585.30.084635411100
3.58-4.15.30.07263601.0351100
4.1-5.175.30.0663751.0281100
5.17-405.20.08564521.047199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1458精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4009→39.767 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8277 / SU ML: 0.27 / σ(F): 39.36 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 3220 5.07 %Random
Rwork0.1744 ---
obs0.1768 63465 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.03 Å2 / Biso mean: 56.0313 Å2 / Biso min: 18.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4009→39.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9263 0 12 248 9523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2412822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.773533
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4009-2.43680.29441390.247526532792100
2.4368-2.47480.30111210.241925922713100
2.4748-2.51540.31321420.235726152757100
2.5154-2.55880.27871400.230426032743100
2.5588-2.60530.29021290.224526112740100
2.6053-2.65540.33681420.237625992741100
2.6554-2.70960.2811290.225226372766100
2.7096-2.76850.30431230.221226392762100
2.7685-2.83290.25341500.199625752725100
2.8329-2.90370.24851360.213126432779100
2.9037-2.98220.26321460.201826172763100
2.9822-3.06990.26411550.199425992754100
3.0699-3.16890.24091370.190126062743100
3.1689-3.28220.21991180.17526302748100
3.2822-3.41350.23951510.182426002751100
3.4135-3.56880.2021640.169626092773100
3.5688-3.75680.20341530.159726092762100
3.7568-3.9920.20341310.157626402771100
3.992-4.29980.17621390.150825992738100
4.2998-4.73190.1721420.133926342776100
4.7319-5.41520.17511490.142326372786100
5.4152-6.8170.26461530.195926302783100
6.817-39.77240.17111310.1462668279999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.4118 Å / Origin y: -63.8095 Å / Origin z: -25.8935 Å
111213212223313233
T0.2051 Å2-0.035 Å20.0064 Å2-0.2434 Å2-0.0073 Å2--0.1502 Å2
L1.4312 °20.6711 °20.069 °2-0.7079 °2-0.1215 °2--0.1695 °2
S-0.0571 Å °-0.0785 Å °-0.0074 Å °-0.0877 Å °0.0369 Å °0.0073 Å °0.0261 Å °-0.053 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA14 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1allB14 - 299
3X-RAY DIFFRACTION1allC14 - 300
4X-RAY DIFFRACTION1allD14 - 303
5X-RAY DIFFRACTION1allD - B1 - 401
6X-RAY DIFFRACTION1allB - A1 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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