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- PDB-4mb1: The Structure of MalL mutant enzyme G202P from Bacillus subtilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mb1
タイトルThe Structure of MalL mutant enzyme G202P from Bacillus subtilus
要素Oligo-1,6-glucosidase 1
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / alpha glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oligo-1,6-glucosidase / oligo-1,6-glucosidase activity / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligo-1,6-glucosidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hobbs, J.K. / Jiao, W. / Easter, A.D. / Parker, E.J. / Schipper, L.A. / Arcus, V.L.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Change in heat capacity for enzyme catalysis determines temperature dependence of enzyme catalyzed rates.
著者: Hobbs, J.K. / Jiao, W. / Easter, A.D. / Parker, E.J. / Schipper, L.A. / Arcus, V.L.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligo-1,6-glucosidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3653
ポリマ－66,2031
非ポリマー1622
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.500, 101.070, 61.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Oligo-1,6-glucosidase 1 / Dextrin 6-alpha-D-glucanohydrolase / Oligosaccharide alpha-1 / 6-glucosidase 1 / Sucrase-isomaltase ...Dextrin 6-alpha-D-glucanohydrolase / Oligosaccharide alpha-1 / 6-glucosidase 1 / Sucrase-isomaltase 1 / Isomaltase 1


分子量: 66203.242 Da / 分子数: 1 / 変異: G202P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: malL, yvdL, BSU34560 / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O06994, oligo-1,6-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris pH 7.5, 24% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→56.992 Å / Num. all: 107544 / Num. obs: 104533 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.4-1.4270.5843.335437504294.9
7.67-20.666.40.04335.6423165795.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.69 Å
Translation2.5 Å44.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→20.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.772 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 5251 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.1744 109746 --
obs0.1744 104495 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.27 Å2 / Biso mean: 10.8088 Å2 / Biso min: 2.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å2-0.18 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4613 0 9 498 5120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0194788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1421.9376493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.962310038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8295571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24324.5260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.40615824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7991527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021166
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 353 -
Rwork0.235 7169 -
all-7522 -
obs--94.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5558-0.16180.21920.799-0.41070.68310.03660.0154-0.08020.0279-0.00520.04290.0513-0.0067-0.03140.072-0.00270.01190.0011-0.00670.0779-3.6587-15.9826.8146
22.7496-0.76352.11987.90254.2636.6062-0.05870.0619-0.04180.56450.2465-0.91060.11660.4423-0.18780.1285-0.0048-0.08260.1471-0.01150.228520.2469-13.684139.2847
30.39440.44670.53594.26752.65583.8413-0.0291-0.0027-0.0160.03890.1227-0.2967-0.09320.4415-0.09360.09240.0138-0.00020.09220.00760.131914.3488-16.742628.5404
40.50820.20380.0360.7648-0.13180.66550.02380.0066-0.03130.0097-0.0251-0.07690.02520.07920.00130.06190.00510.0130.02360.00040.06466.7076-1.512416.6449
51.8149-0.16880.94150.2399-0.14291.03550.0059-0.10510.08450.0847-0.01070.0104-0.0895-0.03090.00480.0965-0.00130.03190.0106-0.00920.0753-5.92487.357128.3159
62.419-0.4086-0.75010.72710.39320.9623-0.04160.2427-0.0864-0.06370.0173-0.01660.0436-0.03980.02420.10470.0020.01370.04840.01660.05154.56383.63140.902
72.0927-0.3587-0.69581.23630.07342.3594-0.00320.12990.0552-0.11920.0751-0.1204-0.05360.0314-0.07190.1048-0.00820.02480.05750.01170.086111.8110.0306-4.2346
86.5699-1.73463.49090.4731-0.92441.870.54390.9266-0.5635-0.1308-0.21940.24160.21670.4113-0.32450.74290.16970.12580.80390.07360.63117.537415.8557-8.6295
91.8262-0.4559-1.02463.15584.73927.2201-0.00960.2110.0146-0.21930.1434-0.0507-0.28930.1543-0.13380.1286-0.00840.00650.0710.02560.12039.121113.2525-2.8565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2A207 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3A215 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4A241 - 388
5X-RAY DIFFRACTION5A389 - 452
6X-RAY DIFFRACTION6A453 - 500
7X-RAY DIFFRACTION7A501 - 537
8X-RAY DIFFRACTION8A538 - 543
9X-RAY DIFFRACTION9A544 - 559

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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