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- PDB-4mal: TPR3 of FimV from P. aeruginosa (PAO1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mal
タイトルTPR3 of FimV from P. aeruginosa (PAO1)
要素Motility protein FimV
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TPR
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV pilus / type II protein secretion system complex / peptidoglycan binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2200 / Motility protein FimV, C-terminal / Motility protein FimV, N-terminal / FimV, C-terminal domain superfamily / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2200 / Motility protein FimV, C-terminal / Motility protein FimV, N-terminal / FimV, C-terminal domain superfamily / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Motility hub protein FimV
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Nguyen, Y. / Zhang, K. / Daniel-Ivad, M. / Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TPR2 from FimV
著者: Daniel-Ivad, M. / Nguyen, Y. / Zhang, K. / Buensuceso, R. / Robinson, H. / Wolfram, F. / Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. / Howell, P.L. / Burrows, L.L.
履歴
登録2013年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Structure summary
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Motility protein FimV
B: Motility protein FimV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9992
ポリマ－13,9992
非ポリマー00
水63135
1
A: Motility protein FimV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9991
ポリマ－6,9991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Motility protein FimV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9991
ポリマ－6,9991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.325, 42.325, 139.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Motility protein FimV


分子量: 6999.336 Da / 分子数: 2 / 断片: TPR2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: fimV, PA3115 / プラスミド: pET151-D-topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZA6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.6 M ammonium phosphate, 0.6 M potassium phosphate, 0.1 M phosphate citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月26日
放射モノクロメーター: Si(III) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 8648 / Num. obs: 8648 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIX(AutoSol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(AutoSol)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→40.501 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 825 9.92 %
Rwork0.2151 --
obs0.2178 8314 96.78 %
all-8648 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.501 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数914 0 0 35 949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0421300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.97363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.17850.27811040.24631008X-RAY DIFFRACTION81
2.1785-2.34670.28971400.22721252X-RAY DIFFRACTION100
2.3467-2.58280.27031380.24171252X-RAY DIFFRACTION100
2.5828-2.95640.31231420.24731279X-RAY DIFFRACTION100
2.9564-3.72440.24371450.20831305X-RAY DIFFRACTION100
3.7244-40.50930.18811560.18991393X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0917-0.24540.26685.093-4.59274.1557-0.68040.6630.37240.12810.64130.22690.0077-1.26490.09250.6277-0.050.10070.70990.06590.776447.123636.83477.3859
29.70514.1215-1.53036.2247-1.26848.68110.34780.13350.13160.3313-0.3463-0.15030.05870.5802-0.05810.22230.0945-0.02530.16250.00860.152141.868116.107277.1283
36.67152.1261-1.68127.066-0.37395.1605-0.0037-0.1412-0.2163-0.3989-0.00580.06620.57710.82240.00120.1860.106-0.03230.3224-0.01820.146740.763211.224371.032
46.573-1.2726-3.60666.63031.71756.1470.06510.7495-1.3403-0.1164-0.2671-0.41131.36150.8754-0.07940.46110.1495-0.02030.4791-0.05120.614621.291931.672756.5062
56.3551-0.12912.47178.2162-3.60483.7913-0.43870.24550.18390.24380.0821-0.4153-0.66860.07430.27040.22820.0179-0.01040.23650.02970.174839.141322.346954.7631
64.9828-2.94830.10153.8529-2.2845.44170.02990.0059-0.7158-0.14760.38720.42010.2996-0.9616-0.24270.27850.0089-0.00560.42410.05560.226733.686315.669559.7695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 861 through 868 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 869 through 885 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 886 through 919 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 856 through 871 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 872 through 902 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 903 through 919 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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