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万見
- PDB-4mai: Structure of Aspergillus oryzae AA11 Lytic Polysaccharide Monooxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mai
タイトルStructure of Aspergillus oryzae AA11 Lytic Polysaccharide Monooxygenase with Cu(I)
要素AA11 Lytic Polysaccharide Monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chitin oxidation / GH61 / AA11 / chitin degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / AA11 family lytic polysaccharide monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / ISOTROPIC STRUCTURE REFINEMENT / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hemsworth, G.R. / Henrissat, B. / Walton, P.H. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Discovery and characterization of a new family of lytic polysaccharide monooxygenases.
著者: Hemsworth, G.R. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Walton, P.H.
履歴
登録2013年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32014年2月5日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AA11 Lytic Polysaccharide Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3636
ポリマ－23,0781
非ポリマー2855
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.269, 60.629, 65.176
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AA11 Lytic Polysaccharide Monooxygenase


分子量: 23077.838 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000501 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*(DE3)
参照: UniProt: Q2UA85, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 10 mM zinc chloride, 100 mM MES, pH 6.0, 20% w/v PEG6000, crystals soaked in solution containing 2 mM copper chloride to replace zinc, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→44.39 Å / Num. all: 44262 / Num. obs: 44262 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2093 / % possible all: 95.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.29データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.7.0032位相決定
精密化構造決定の手法: ISOTROPIC STRUCTURE REFINEMENT / 解像度: 1.4→42.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.1671 / WRfactor Rwork: 0.1337 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9126 / SU B: 1.382 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.0632 / SU Rfree: 0.0587 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1507 2200 5 %RANDOM
Rwork0.1314 ---
all0.1323 44262 --
obs0.1323 42001 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.73 Å2 / Biso mean: 18.6373 Å2 / Biso min: 8.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1377 0 14 187 1578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9521943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8353.0042946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0035186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.32925.17258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.86615201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.076155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.811.538747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.811.537746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3522.312929
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.20432707
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.16555
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.71552808
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 138 -
Rwork0.224 2990 -
all-3128 -
obs--95.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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