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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mah | ||||||
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タイトル | Structure of Aspergillus oryzae AA11 Lytic Polysaccharide Monooxygenase with Zn | ||||||
要素 | AA11 Lytic Polysaccharide Monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / chitin oxidation / GH61 / AA11 / chitin degradation | ||||||
機能・相同性 | Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus oryzae (米麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Hemsworth, G.R. / Henrissat, B. / Walton, P.H. / Davies, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014 タイトル: Discovery and characterization of a new family of lytic polysaccharide monooxygenases. 著者: Hemsworth, G.R. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Walton, P.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mah.cif.gz | 85.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mah.ent.gz | 68.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mah.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4mah_validation.pdf.gz | 426.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4mah_full_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4mah_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4mah_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4mah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4mah | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23077.838 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: AO090102000501 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*(DE3) 参照: UniProt: Q2UA85, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 10 mM zinc chloride, 100 mM MES, pH 6.0, 20% w/v PEG6000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→28.07 Å / Num. all: 32367 / Num. obs: 32367 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1499 / % possible all: 94.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→28.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1671 / WRfactor Rwork: 0.1337 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9126 / SU B: 2.101 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0632 / SU Rfree: 0.0587 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.07 Å2 / Biso mean: 20.2941 Å2 / Biso min: 8.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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