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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4maa | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Amino Acid ABC Transporter Substrate-binding Protein from Pseudomonas fluorescens Pf-5 | ||||||
要素 | Putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Psi-Biology / MCSG / Midwest Center For Structural Genomics / Transporter / alpha/beta fold / solute binding protein / extracellular | ||||||
機能・相同性 | Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas protegens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The Crystal Structure of Amino Acid ABC Transporter Substrate-binding Protein from Pseudomonas fluorescens Pf-5 著者: Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4maa.cif.gz | 84.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4maa.ent.gz | 67.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4maa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4maa_validation.pdf.gz | 425.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4maa_full_validation.pdf.gz | 426 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4maa_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4maa_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4maa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4maa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43723.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア) 株: Pf-5 / 遺伝子: PFL_3674 / プラスミド: PMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: Q4KAF7 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris:HCl pH 8.5 20% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月9日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 26967 / Num. obs: 26573 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 23.05 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.3 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 1331 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→29.436 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.436 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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