PDB-4ma6: Crystal structure of Ara h 8 with Epicatechin bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ma6

タイトル

Crystal structure of Ara h 8 with Epicatechin bound

要素

Ara h 8 allergen

キーワード

PLANT PROTEIN / Bet v 1 like / small molecule carrier

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / Majorek, K.A. / McBride, J.K. / Maleki, S.J. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of the Peanut Panallergen Ara h 8.
著者: Hurlburt, B.K. / Offermann, L.R. / McBride, J.K. / Majorek, K.A. / Maleki, S.J. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2013年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ma6.cif.gz	138.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ma6.ent.gz	109.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ma6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ma6_validation.pdf.gz	752.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ma6_full_validation.pdf.gz	757.1 KB	表示
XML形式データ	4ma6_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	4ma6_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4ma6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4ma6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m9bSC 4m9wC 4mapC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6euw-d 6v8s-13 5wop-1 4kne-2 6dfr-d 2x5y-d 1rx1-d 6aww-1 6awu-1 5laa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

34.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.647, 88.957, 42.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 2 - 157

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ara h 8 allergen 分子量: 16973.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) プラスミド: pET-A8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-28E / (2R,3R)-2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3,4-dihydro-2H-chromene-3,5,7-triol / Epicatechin / エピカテキン分子量: 290.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris (8.5), 0.2 M lithium sulfate, 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月22日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 20539 / Num. obs: 20539 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 1043 / R_sym value: 0.566 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4M9B

4m9b

解像度: 2→36.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 9.943 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24768	1049	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19159	-	-	-
obs	0.19453	19365	99.9 %	-
all	-	19365	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.651 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	-0 Å²	-2.61 Å²
2-	-	-0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2368	0	23	155	2546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.891	2.006	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.243	3	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.296	5	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.197	26.596	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.037	15	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.019	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	460

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8228 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	66	-
R_work	0.233	1450	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1683	-0.4954	1.9905	3.0798	0.674	2.3057	0.1015	-0.1267	-0.1542	-0.1313	-0.0016	0.1892	0.1163	-0.1858	-0.1	0.1496	-0.0407	0.0759	0.223	0.0162	0.1709	3.1787	-5.0108	15.2473
2	10.2986	1.1048	-1.635	4.0656	1.7172	3.8187	-0.1168	0.3366	-0.3298	0.0846	0.0939	-0.1793	0.1454	-0.1926	0.0229	0.0462	-0.0143	0.0493	0.1223	-0.0159	0.0742	11.8294	3.2426	24.2111
3	10.5534	8.9601	3.0764	9.1777	3.0089	2.5296	0.0878	-0.864	0.4433	-0.173	-0.4726	0.5009	-0.0798	-0.056	0.3848	0.0792	-0.0033	0.0127	0.2397	0.0135	0.1149	2.8203	6.2603	18.178
4	3.8826	1.9236	0.5541	6.4361	-0.0656	2.5519	-0.2282	0.1518	0.1713	-0.4653	0.058	0.1645	-0.1674	-0.0558	0.1702	0.0814	-0.0096	-0.025	0.1225	0.0047	0.0642	1.0782	5.7089	9.1283
5	4.8025	-1.6979	2.7909	7.4926	-6.2293	7.0571	0.1605	-0.3699	-0.1789	-0.3544	0.1637	0.7646	0.5309	-0.3314	-0.3242	0.1195	0.0006	0.059	0.1003	0.024	0.1855	4.0972	-12.6688	14.2715
6	0.7735	1.7308	0.229	7.3504	1.2736	2.6739	0.1292	-0.0087	0	-0.6398	-0.2765	0.4659	-0.2674	-0.2709	0.1473	0.2825	0.0447	-0.0909	0.2289	-0.0093	0.2163	6.3222	-24.7778	-2.8324
7	2.0888	-1.3293	0.3814	4.0637	-0.0827	1.2469	0.0212	0.0489	-0.0331	0.1064	-0.019	-0.0433	-0.2034	0.1064	-0.0022	0.105	-0.0132	0.086	0.1658	-0.0413	0.147	19.5043	-22.9122	10.9265
8	1.3546	-1.0573	1.5032	4.0693	-0.6853	3.1764	0.2033	-0.0019	-0.0111	-0.6069	-0.0231	0.2196	0.126	0.0489	-0.1802	0.1231	-0.0008	0.0278	0.1862	-0.0089	0.1396	13.5379	-28.4913	2.6481
9	3.1208	-2.6666	-2.0887	8.6735	-1.8885	7.1763	0.0311	-0.2603	-0.154	0.2698	0.5925	1.0403	0.4977	-0.2568	-0.6236	0.1491	-0.0546	0.002	0.1934	0.0416	0.2744	3.7585	-37.5742	6.1152
10	1.3417	4.9036	2.3703	21.0702	8.3276	11.9594	-0.2888	0.2195	-0.0782	-0.4156	0.2152	-0.2965	-0.51	0.2846	0.0736	0.266	-0.0942	0.0751	0.2231	-0.002	0.1915	11.6735	-12.5531	5.8674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	102 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	140 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	18 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	62 - 118
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	119 - 140
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	141 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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