[日本語] English
万見
- PDB-4m9v: Zfp57 mutant (E182Q) in complex with 5-carboxylcytosine DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m9v
タイトルZfp57 mutant (E182Q) in complex with 5-carboxylcytosine DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(1CC)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')
  • Zinc finger protein 57
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / epigenetics / transcription factor / 5-carboxylcytosine / C2H2 Zinc finger / DNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of female pronucleus / double-stranded methylated DNA binding / genomic imprinting / autosome genomic imprinting / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / heterochromatin / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...epigenetic programing of female pronucleus / double-stranded methylated DNA binding / genomic imprinting / autosome genomic imprinting / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / heterochromatin / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 57
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.969 Å
データ登録者Liu, Y. / Olanrewaju, Y.O. / Zhang, X. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: DNA recognition of 5-carboxylcytosine by a zfp57 mutant at an atomic resolution of 0.97 angstrom.
著者: Liu, Y. / Olanrewaju, Y.O. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2013年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 2.02020年6月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(1CC)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: Zinc finger protein 57
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(1CC)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
F: Zinc finger protein 57
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,33420
ポリマ－28,2846
非ポリマー1,05114
水8,503472
1
A: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(1CC)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: Zinc finger protein 57
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,72611
ポリマ－14,1423
非ポリマー5848
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area7010 Å2
手法PISA
2
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(1CC)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
F: Zinc finger protein 57
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6089
ポリマ－14,1423
非ポリマー4666
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area7030 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10240 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.388, 96.093, 36.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3363.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(1CC)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 3402.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 Zinc finger protein 57 / Zfp-57


分子量: 7376.424 Da / 分子数: 2 / Mutation: E182Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zfp57 / プラスミド: pXC1158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6P8

-
非ポリマー , 5種, 486分子

#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% polyethylene glycol 8000, 100 mM CaCl2, and 100 mM acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月31日
詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.969→33.5 Å / Num. obs: 129957 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 8.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 0.969→1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 12599 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GZN

4gzn


解像度: 0.969→33.459 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.11 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1426 6543 5.04 %RANDOM
Rwork0.1301 ---
obs0.1307 129906 95.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.969→33.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数966 898 54 472 2390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8153190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.406919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01252
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
0.9685-0.97960.28212090.28513681368184
0.9796-0.99110.28622070.2613945394593
0.9911-1.00320.27032040.2554125412595
1.0032-1.01590.25182200.24084025402595
1.0159-1.02920.23052260.21194071407195
1.0292-1.04330.22242090.19094035403595
1.0433-1.05820.20381850.17454122412295
1.0582-1.0740.1672050.164086408695
1.074-1.09080.15962210.14824064406495
1.0908-1.10870.15272070.14164145414595
1.1087-1.12780.14442130.13274104410496
1.1278-1.14830.14932110.12974144414496
1.1483-1.17040.15022150.12844128412896
1.1704-1.19430.13992000.1234124412497
1.1943-1.22030.13612110.11814153415395
1.2203-1.24870.14532480.11874122412297
1.2487-1.27990.12532350.11074127412797
1.2799-1.31450.12882160.11014169416997
1.3145-1.35320.12532580.10864182418297
1.3532-1.39690.12652200.10514208420898
1.3969-1.44680.14332030.1024222422298
1.4468-1.50470.1152560.10274168416897
1.5047-1.57320.12011980.10674213421398
1.5732-1.65610.12392260.0994186418697
1.6561-1.75990.11612440.10444121412197
1.7599-1.89580.12842090.1124187418797
1.8958-2.08650.13332490.12284125412597
2.0865-2.38840.15071990.13064203420397
2.3884-3.00880.13452150.1454182418296
3.0088-33.47920.14512240.13663996399692

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る