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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m9s | ||||||
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タイトル | crystal structure of CED-4 bound CED-3 fragment | ||||||
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![]() | APOPTOSIS / apoptosome / CED-3 | ||||||
機能・相同性 | ![]() BH1 domain binding / positive regulation of apoptotic process involved in development / regulation of development, heterochronic / caspase complex / positive regulation of synapse pruning / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein processing / caspase binding / embryonic morphogenesis / apoptotic process involved in development ...BH1 domain binding / positive regulation of apoptotic process involved in development / regulation of development, heterochronic / caspase complex / positive regulation of synapse pruning / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein processing / caspase binding / embryonic morphogenesis / apoptotic process involved in development / negative regulation of execution phase of apoptosis / actin filament depolymerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of cell size / muscle cell cellular homeostasis / BH3 domain binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / endopeptidase activator activity / regulation of cell adhesion / regulation of protein stability / ADP binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, W.J. / Jinag, T.Y. / Choi, W.Y. / Wang, J.W. / Shi, Y.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into CED-4-mediated activation of CED-3. 著者: Huang, W. / Jiang, T. / Choi, W. / Qi, S. / Pang, Y. / Hu, Q. / Xu, Y. / Gong, X. / Jeffrey, P.D. / Wang, J. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 425.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 350.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63797.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ced-4, C35D10.9 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1039.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ATP / 配列の詳細 | SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS BASED ON ISOFORM A OF UNIPROT P30429 (CED4_CAEEL, IDENTIFIER | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS COLUMNS |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.6-0.8M sodium acetate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.1M sodium fluoride , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97894 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 56679 / % possible obs: 74.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 27.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3LQQ 解像度: 3.207→40.849 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.79 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.207→40.849 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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