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- PDB-4m9s: crystal structure of CED-4 bound CED-3 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m9s
タイトルcrystal structure of CED-4 bound CED-3 fragment
要素
  • CED-3 fragment
  • Cell death protein 4
キーワードAPOPTOSIS / apoptosome / CED-3
機能・相同性
機能・相同性情報


BH1 domain binding / regulation of development, heterochronic / caspase complex / positive regulation of apoptotic process involved in development / positive regulation of synapse pruning / peptidase activator activity involved in apoptotic process / caspase binding / positive regulation of protein processing / embryonic morphogenesis / apoptotic process involved in development ...BH1 domain binding / regulation of development, heterochronic / caspase complex / positive regulation of apoptotic process involved in development / positive regulation of synapse pruning / peptidase activator activity involved in apoptotic process / caspase binding / positive regulation of protein processing / embryonic morphogenesis / apoptotic process involved in development / cysteine-type endopeptidase activator activity / embryo development ending in birth or egg hatching / actin filament depolymerization / negative regulation of execution phase of apoptosis / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / regulation of cell size / muscle cell cellular homeostasis / BH3 domain binding / regulation of cell adhesion / endopeptidase activator activity / regulation of protein stability / ADP binding / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / membrane / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ced-4 linker helical domain-like / : / CED4, winged-helix domain / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / NB-ARC / NB-ARC domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. ...Ced-4 linker helical domain-like / : / CED4, winged-helix domain / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / NB-ARC / NB-ARC domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Death-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cell death protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.207 Å
データ登録者Huang, W.J. / Jinag, T.Y. / Choi, W.Y. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Mechanistic insights into CED-4-mediated activation of CED-3.
著者: Huang, W. / Jiang, T. / Choi, W. / Qi, S. / Pang, Y. / Hu, Q. / Xu, Y. / Gong, X. / Jeffrey, P.D. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2013年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell death protein 4
E: CED-3 fragment
B: Cell death protein 4
F: CED-3 fragment
C: Cell death protein 4
G: CED-3 fragment
D: Cell death protein 4
H: CED-3 fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,47516
ポリマ－259,3498
非ポリマー2,1268
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area94100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.814, 178.814, 201.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質
Cell death protein 4


分子量: 63797.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ced-4, C35D10.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30429
#2: タンパク質・ペプチド
CED-3 fragment


分子量: 1039.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS BASED ON ISOFORM A OF UNIPROT P30429 (CED4_CAEEL, IDENTIFIER: P30429-2).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.6-0.8M sodium acetate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.1M sodium fluoride , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 56679 / % possible obs: 74.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 27.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LQQ

3lqq


解像度: 3.207→40.849 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3335 2849 5.03 %
Rwork0.2828 --
all0.2854 --
obs0.2854 56679 55.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.207→40.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16559 0 128 0 16687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01816996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.34122980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6436425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1032625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132926
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2069-3.26210.5845250.426246010
3.2621-3.32140.4866270.383754111
3.3214-3.38530.4362410.447261613
3.3853-3.45430.5164410.401578016
3.4543-3.52940.4778470.399787918
3.5294-3.61150.4857480.510697220
3.6115-3.70170.5133820.3767161833
3.7017-3.80170.4843710.3877144530
3.8017-3.91350.4258950.3192197641
3.9135-4.03970.43071380.3525258653
4.0397-4.1840.38321830.3182317466
4.184-4.35130.35031780.2993348171
4.3513-4.54910.31231830.2812378778
4.5491-4.78860.32992190.2525405384
4.7886-5.08810.30532240.2682425988
5.0881-5.48010.34352250.2704444591
5.4801-6.030.33872800.2934452694
6.03-6.8990.32992480.324472197
6.899-8.67830.31332530.2678479999
8.6783-40.85250.25132410.2131471297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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