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万見
- PDB-4m7r: Crystal structure of the N-terminal methyltransferase-like domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7r
タイトルCrystal structure of the N-terminal methyltransferase-like domain of anamorsin
要素Anamorsin
キーワードAPOPTOSIS / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / hemopoiesis / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process ...Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / hemopoiesis / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anamorsin, C-terminal / : / Anamorsin, N-terminal / Anamorsin / Cytokine-induced anti-apoptosis inhibitor 1, Fe-S biogenesis / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Song, G. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the N-terminal methyltransferase-like domain of anamorsin.
著者: Song, G. / Cheng, C. / Li, Y. / Shaw, N. / Xiao, Z.C. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anamorsin
B: Anamorsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7673
ポリマ－42,5662
非ポリマー2011
水5,062281
1
A: Anamorsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4842
ポリマ－21,2831
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anamorsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2831
ポリマ－21,2831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.508, 79.508, 101.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Anamorsin / Cytokine-induced apoptosis inhibitor 1 / Fe-S cluster assembly protein DRE2 homolog


分子量: 21283.066 Da / 分子数: 2 / 断片: methyltransferase-like domain, UNP residues 1-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIAPIN1, CUA001, PRO0915 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6FI81
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.17M sodium acetate trihydrate, 0.085M sodium cacodylate pH6.5, 25% PEG 8000, 15% Glycerol, EVAPORATION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月14日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromatoR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.43 Å / Num. all: 33762 / Num. obs: 33762 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 21.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value
1.8-1.837.50.514.0916660.51
1.83-1.869.10.4694.516860.469
1.86-1.910.70.398717150.396
1.9-1.9411.10.319.1716510.31
1.94-1.9811.20.25511.4416930.255
1.98-2.0311.20.2113.316860.21

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1372)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→30.426 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8364 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 1708 5.07 %RANDOM
Rwork0.1874 ---
all-33762 --
obs-33703 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.73 Å2 / Biso mean: 28.2786 Å2 / Biso min: 10.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→30.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2712 0 1 281 2994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0313708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7991018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8011-1.85410.29351490.242426602809
1.8541-1.91390.25561430.229926402783
1.9139-1.98230.25431350.207526752810
1.9823-2.06170.25021290.201426582787
2.0617-2.15550.25531780.203926362814
2.1555-2.26910.25071460.186826652811
2.2691-2.41120.26821460.19626512797
2.4112-2.59730.21911450.205226552800
2.5973-2.85850.23751280.196926782806
2.8585-3.27170.21631290.179626782807
3.2717-4.12040.20851370.16626862823
4.1204-30.43020.18941430.173327132856
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.2964 Å / Origin y: -13.8878 Å / Origin z: -17.3673 Å
111213212223313233
T0.1701 Å20.0279 Å20.0069 Å2-0.1017 Å2-0.0082 Å2--0.1315 Å2
L3.6672 °20.5581 °20.5591 °2-0.1072 °20.1075 °2--0.3645 °2
S-0.0245 Å °0.1717 Å °-0.0843 Å °-0.0513 Å °0.0248 Å °-0.0328 Å °0.0626 Å °0.0674 Å °0.0039 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA12 - 1116
2X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 188
3X-RAY DIFFRACTION1allA201
4X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 435
5X-RAY DIFFRACTION1allB - A201 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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