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- PDB-4m7e: Structural insight into BL-induced activation of the BRI1-BAK1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7e
タイトルStructural insight into BL-induced activation of the BRI1-BAK1 complex
要素
  • BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
  • Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
キーワードTRANSFERASE / phytohormone / brassinosteroid-insensitive 1 / leucine-rich repeat / receptor-like kinases
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / receptor serine/threonine kinase binding / response to UV-B ...detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / receptor serine/threonine kinase binding / response to UV-B / steroid binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / defense response / receptor protein-tyrosine kinase / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endosome / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #310 / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat ...Dna Ligase; domain 1 - #310 / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Dna Ligase; domain 1 / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Brassinolide / Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.602 Å
データ登録者Chai, J. / Han, Z. / Sun, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insight into BL-induced activation of the BRI1-BAK1 complex
著者: Sun, Y. / Han, Z. / Chai, J.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
B: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
D: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
C: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,86315
ポリマ－209,3484
非ポリマー3,51511
水00
1
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
C: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5428
ポリマ－104,6742
非ポリマー1,8686
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
D: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3217
ポリマ－104,6742
非ポリマー1,6475
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.911, 145.911, 166.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / AtBRI1 / Brassinosteroid LRR receptor kinase


分子量: 83048.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 24-785 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BRI1, At4g39400, F23K16.30 / Cell (発現宿主): high five
参照: UniProt: O22476, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1 / AtBAK1 / BRI1-associated receptor kinase 1 / Protein ELONGATED / Somatic embryogenesis receptor ...AtBAK1 / BRI1-associated receptor kinase 1 / Protein ELONGATED / Somatic embryogenesis receptor kinase 3 / AtSERK3 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 3


分子量: 21625.393 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26-221 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BAK1, ELG, SERK3, At4g33430, F17M5.190 / Cell (発現宿主): high five
参照: UniProt: Q94F62, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
糖 , 2種, 7分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-BLD / Brassinolide / (3aS,5S,6R,7aR,7bS,9aS,10R,12aS,12bS)-10-[(2S,3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5,6-dimethylheptan-2-yl]-5,6-dihydroxy-7a,9a-dime thylhexadecahydro-3H-benzo[c]indeno[5,4-e]oxepin-3-one / ブラシノリド


分子量: 480.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H48O6 / コメント: ホルモン*YM

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4
詳細: 0.1M Citric Acid, 2.0M (NH4)2SO4, pH 4.0, EVAPORATION, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月25日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 45864 / Num. obs: 45084 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.061

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RGZ

3rgz


解像度: 3.602→45.904 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2747 2259 5.03 %RANDOM
Rwork0.2197 ---
obs0.2226 44924 98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.602→45.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13694 0 232 0 13926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01414207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.09119299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5795220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1352299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112474
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.6015-3.67980.35271540.2961269697
3.6798-3.76540.36011280.2866266098
3.7654-3.85950.35741580.2822268798
3.8595-3.96380.32671470.2713266898
3.9638-4.08040.33571570.2429267099
4.0804-4.2120.27591420.2192266499
4.212-4.36240.20961500.1965266898
4.3624-4.53690.2171360.1762272399
4.5369-4.74320.31841160.1741268899
4.7432-4.9930.25261220.1727270699
4.993-5.30540.24761320.1879268598
5.3054-5.71430.26231240.2168270199
5.7143-6.28810.28231320.2261269599
6.2881-7.1950.32791510.2128261597
7.195-9.05350.27061470.2502260396
9.0535-45.90740.23251630.2114253694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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