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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m75 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Lsm1-7 complex | ||||||
![]() | (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Sm Like Protein / RNA splicing / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / tRNA processing ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / tRNA processing / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / cellular response to glucose starvation / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / rRNA processing / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA. 著者: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 489.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 406 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 14分子 AHBICJDKELFMGN
#1: タンパク質 | 分子量: 17473.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM1, SPB8, YJL124C, J0714 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11302.508 Da / 分子数: 2 / Mutation: C45S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 10100.921 Da / 分子数: 2 / Mutation: C37S,C63S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 9547.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 10573.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM5, YER146W / 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 13261.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 14088.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
#8: 化合物 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MES 6.5, 25% PEG600, 20mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→40 Å / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.06 Å / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1I81 解像度: 2.95→38.66 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 31.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.09 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→38.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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