PDB-4m75: Crystal structure of Lsm1-7 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m75

タイトル

Crystal structure of Lsm1-7 complex

要素

(U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Sm Like Protein / RNA splicing / STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body assembly / U2-type prespliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA.
著者: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y.

履歴

登録	2013年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4m75_validation.pdf.gz	566.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m75_full_validation.pdf.gz	676.9 KB	表示
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CIF形式データ	4m75_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m75	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4m77C 4m78C 4m7aC 4m7dC 1i81S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bla-d 4a8y-3 4c92-d 1xmm-1 6fkg-d 3nke-d 3wsz-d 6ppn-2 4qde-1 4a8s-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1

B: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm2

C: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3

D: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm6

E: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm5

F: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm7

G: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm4

H: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1

I: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm2

J: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3

K: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm6

L: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm5

M: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm7

N: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm4

ヘテロ分子

173 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1

B: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm2

C: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3

D: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm6

E: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm5

F: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm7

G: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.4 kDa, 7 ポリマー
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2

H: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1

I: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm2

J: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3

K: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm6

L: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm5

M: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm7

N: U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.3 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.672, 67.835, 98.235
Angle α, β, γ (deg.)	93.14, 108.21, 116.30
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 14分子 AHBICJDKELFMGN

#1: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1 分子量: 17473.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM1, SPB8, YJL124C, J0714 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47017
#2: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm2 分子量: 11302.508 Da / 分子数: 2 / Mutation: C45S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203
#3: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 分子量: 10100.921 Da / 分子数: 2 / Mutation: C37S,C63S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743
#4: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm6 分子量: 9547.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06406
#5: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm5 分子量: 10573.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM5, YER146W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40089
#6: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm7 分子量: 13261.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53905
#7: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm4 分子量: 14088.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40070

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MES 6.5, 25% PEG600, 20mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40 Å / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.95→3.06 Å / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I81

1i81

解像度: 2.95→38.66 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 31.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	2954	5.08 %
R_work	0.266	-	-
obs	0.267	58102	96.7 %
all	-	60091	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.09 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.3686 Å²	9.7927 Å²	2.5732 Å²
2-	-	3.7437 Å²	3.2479 Å²
3-	-	-	15.6374 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→38.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9317	0	2	0	9319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	9438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.665	12719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.49	3466
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	1511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-2.9984	0.454	111	0.4012	2600	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9984-3.0501	0.3384	155	0.3727	2642	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0501-3.1055	0.4703	142	0.359	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1055-3.1652	0.3508	145	0.3673	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1652-3.2298	0.4604	137	0.3665	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2298-3.3	0.3565	98	0.3405	2629	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3-3.3767	0.4151	156	0.32	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3767-3.4611	0.2863	140	0.2938	2617	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4611-3.5546	0.3283	152	0.2743	2721	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5546-3.6591	0.2406	154	0.2742	2586	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6591-3.7772	0.2744	147	0.2774	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7772-3.912	0.2704	137	0.2649	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
3.912-4.0685	0.2912	161	0.2554	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0685-4.2534	0.2928	163	0.2447	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2534-4.4774	0.2043	146	0.21	2642	X-RAY DIFFRACTION	96
4.4774-4.7574	0.2378	122	0.185	2609	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7574-5.124	0.2261	122	0.2061	2631	X-RAY DIFFRACTION	96
5.124-5.6382	0.2869	153	0.2833	2560	X-RAY DIFFRACTION	96
5.6382-6.4508	0.3717	123	0.3068	2646	X-RAY DIFFRACTION	96
6.4508-8.115	0.2776	158	0.2726	2497	X-RAY DIFFRACTION	93
8.115-38.6609	0.2735	132	0.2451	2473	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4836	-0.4018	-0.5535	1.5614	0.1841	2.5784	-0.1142	0.2285	0.6353	-0.119	-0.3777	-0.588	-0.7456	0.007	-0.2344	-0.1446	-0.1522	0.2412	0.069	0.1337	0.1154	-30.8363	36.267	30.6227
2	5.9897	-2.1831	0.2712	6.6577	-0.5986	7.1871	-0.0051	-0.6846	0.4704	0.5452	0.1246	-0.4875	-0.3086	0.2491	0.0601	0.21	-0.0475	-0.0774	0.3461	-0.0893	0.3445	-22.2634	28.4102	45.4793
3	6.2799	0.1561	-1.1918	3.3062	0.7765	6.9574	0.0342	-0.0793	-0.0985	0.4113	0.0615	-0.9136	0.3608	0.9013	-0.097	0.1601	0.04	0.0142	0.3301	-0.0331	0.6761	-11.4641	17.5045	40.303
4	7.6646	-0.0346	-0.4942	6.6278	-0.2455	6.5622	0.2446	0.0711	-0.3872	-0.3774	0.1285	-1.0188	1.0787	0.9673	-0.2872	0.4636	0.1391	-0.0071	0.4362	-0.1339	0.4878	-13.5519	3.1852	28.2115
5	7.9859	-0.7871	1.1471	6.5035	0.4907	8.6184	0.2418	0.7549	-0.7654	-0.6506	-0.0301	0.6831	0.5903	0.5718	-0.1147	0.4988	0.0764	-0.0714	0.3729	-0.0875	0.4281	-27.2351	0.5959	16.2456
6	1.2323	-2.3458	-0.5676	4.8581	1.0234	3.283	0.286	0.5123	-0.2265	-0.9383	-0.3686	0.7823	-0.245	-0.7249	0.2322	0.4949	0.0374	-0.2406	0.3785	-0.1322	0.4776	-42.7882	11.3993	14.0848
7	7.2603	0.1233	1.114	6.1062	1.7351	6.6042	0.1477	0.0317	0.3027	-0.0431	0.1661	0.5736	-0.4278	-0.7103	-0.286	0.1899	-0.0208	-0.0242	0.3189	0.0896	0.3619	-48.831	28.3121	24.8638
8	3.0858	1.1925	-0.5748	5.0756	-2.0176	2.4834	0.0907	-0.135	-0.0908	0.477	0.4228	1.0753	-0.3363	-0.6064	-0.3953	0.4538	0.055	-0.0107	0.3781	0.0179	0.3672	-54.9674	21.4365	70.8971
9	2.0706	0.2775	-0.6358	4.7757	0.1443	5.0468	0.4338	0.1054	0.0781	-1.1164	0.1739	1.0486	0.383	-0.8072	0.6388	0.6973	0.0498	-0.3371	0.2575	-0.1285	0.4097	-55.0447	8.3228	55.0095
10	3.3414	0.8782	-0.4261	4.2506	-0.3207	2.3311	0.2326	0.249	-0.6818	-0.5189	-0.0611	1.0962	0.7039	-0.5221	-0.0179	0.8487	-0.2184	-0.4037	0.2156	-0.1067	0.8786	-53.0368	-6.8195	62.2218
11	5.551	-1.3687	0.023	5.5655	1.2342	8.2438	-0.3949	0.1901	-1.0367	-0.6165	0.3966	0.4966	1.2582	0.2341	-0.0112	0.8332	-0.0181	-0.1126	0.2835	0.0242	0.6166	-37.4648	-12.9592	71.3356
12	5.0394	0.8201	0.6252	5.613	-1.3212	5.0564	-0.1109	-0.1409	-0.726	0.3933	0.0456	-0.5043	0.8922	0.0055	0.0981	0.7392	0.1389	-0.1781	0.2766	-0.0172	0.3157	-27.4979	-4.1649	83.0247
13	4.438	-2.048	0.3786	5.4202	1.9868	5.0657	-0.0483	-0.0131	0.1179	1.1033	0.0263	-0.7656	-0.32	0.9451	0.0223	0.6749	-0.0596	-0.2274	0.3703	0.0137	0.4429	-25.7395	13.2941	85.7057
14	3.1458	2.0684	-0.2091	2.795	0.5598	3.595	0.0998	-0.355	0.2658	1.0466	-0.0358	-0.2753	-1.2827	0.1325	-0.0891	0.8291	0.0719	-0.0239	0.3088	-0.0366	0.3361	-36.5496	30.0485	72.6282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain M
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain N

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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