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万見
- PDB-4m6w: Crystal structure of the C-terminal segment of FANCM in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m6w
タイトルCrystal structure of the C-terminal segment of FANCM in complex with FAAP24
要素
  • Fanconi anemia group M protein
  • Fanconi anemia-associated protein of 24 kDa
キーワードDNA BINDING PROTEIN / FANCM / FAAP24 / XPF/Mus81 / Fanconi anemia / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


FANCM-MHF complex / double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / four-way junction helicase activity / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / replication fork processing / 3'-5' DNA helicase activity / interstrand cross-link repair ...FANCM-MHF complex / double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / four-way junction helicase activity / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / replication fork processing / 3'-5' DNA helicase activity / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / RNA helicase activity / RNA helicase / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia-associated protein of 24kDa / Fanconi anemia core complex-associated protein 24, pseudonuclease domain / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM pseudonuclease domain / Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM to MHF binding domain / Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain ...Fanconi anemia-associated protein of 24kDa / Fanconi anemia core complex-associated protein 24, pseudonuclease domain / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM pseudonuclease domain / Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM to MHF binding domain / Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia group M protein / Fanconi anemia core complex-associated protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yang, H. / Zhang, T. / Tong, L. / Ding, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the functions of the FANCM-FAAP24 complex in DNA repair.
著者: Yang, H. / Zhang, T. / Tao, Y. / Wang, F. / Tong, L. / Ding, J.
履歴
登録2013年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fanconi anemia group M protein
B: Fanconi anemia-associated protein of 24 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8185
ポリマ－48,5302
非ポリマー2883
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.174, 98.111, 140.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Fanconi anemia group M protein / Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa ...Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa / FAAP250 / Protein Hef ortholog


分子量: 25132.857 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1813-2031 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FANCM, KIAA1596 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q8IYD8, RNA helicase
#2: タンパク質 Fanconi anemia-associated protein of 24 kDa


分子量: 23397.285 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 17-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAAP24, C19orf40 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9BTP7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.0M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796, 0.9795, 0.9792, 0.9568
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97951
30.97921
40.95681
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 12155 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 12155 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 21.492 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.459 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 598 4.9 %RANDOM
Rwork0.2544 ---
obs0.2567 11554 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.7 Å2 / Biso mean: 69.7247 Å2 / Biso min: 34.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.53 Å20 Å20 Å2
2---2 Å2-0 Å2
3----3.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3058 0 15 8 3081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.9744200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83737092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1635383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.95924.818137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.07515587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4781518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02694
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 39 -
Rwork0.332 821 -
all-860 -
obs--95.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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