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万見
- PDB-4m6e: The high resolution structure of tyrocidine A reveals an amphipat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m6e
タイトルThe high resolution structure of tyrocidine A reveals an amphipathic dimer
要素tyrocidine A
キーワードANTIBIOTIC / cyclic peptide
機能・相同性tyrocidine A / METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Loll, P.J. / Economou, N.J. / Nahoum, V.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: The high resolution structure of tyrocidine A reveals an amphipathic dimer.
著者: Loll, P.J. / Upton, E.C. / Nahoum, V. / Economou, N.J. / Cocklin, S.
履歴
登録2013年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tyrocidine A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5035
ポリマ－1,2881
非ポリマー2144
水905
1
A: tyrocidine A
ヘテロ分子

A: tyrocidine A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,00610
ポリマ－2,5772
非ポリマー4298
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_766-x+2,-x+y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)33.390, 33.390, 50.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

MOH

21A-103-

MOH

31A-204-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド tyrocidine A


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1288.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus brevis (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00298, tyrocidine A
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: tyrocidine in methanol at 30 mg/mL, reservoir methanol:MPD (1:5 v/v), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→19 Å / Num. all: 6973 / Num. obs: 6973 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 9.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnB位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95→19 Å / SU ML: 0.05 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1422 685 9.85 %random
Rwork0.1339 ---
obs0.1347 6953 98.5 %-
all-6953 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数92 0 14 5 111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.787152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.47639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.95-1.02340.14031340.12721144X-RAY DIFFRACTION93
1.0234-1.12640.12811340.08731254X-RAY DIFFRACTION100
1.1264-1.28940.12661410.09091270X-RAY DIFFRACTION100
1.2894-1.62440.12361420.12071264X-RAY DIFFRACTION100
1.6244-25.11120.15671340.16051336X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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