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- PDB-4m4w: Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m4w
タイトルMechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex
要素
  • DNA primase
  • Primosomal protein DnaI
  • Replicative helicase
キーワードREPLICATION / primase / helicase loader / DnaB / DnaG / DnaI / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / primosome complex / : / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / isomerase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / forked DNA-dependent helicase activity ...DNA primase DnaG / primosome complex / : / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / isomerase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Primosomal DnaI, N-terminal / Primosomal protein DnaI N-terminus / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria ...Primosomal DnaI, N-terminal / Primosomal protein DnaI N-terminus / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / : / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / TOPRIM / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative helicase loader DnaI / Replicative DNA helicase DnaB / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Liu, B. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structure of a helicase-helicase loader complex reveals insights into the mechanism of bacterial primosome assembly.
著者: Liu, B. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: Replicative helicase
D: Replicative helicase
E: Replicative helicase
F: Replicative helicase
G: DNA primase
H: DNA primase
I: DNA primase
J: Primosomal protein DnaI
K: Primosomal protein DnaI
L: Primosomal protein DnaI
M: Primosomal protein DnaI
N: Primosomal protein DnaI
O: Primosomal protein DnaI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)576,53315
ポリマ－576,53315
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)229.055, 229.055, 364.294
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Replicative helicase / Replicative helicase DnaB


分子量: 50699.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: dnaB / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4C9
#2: タンパク質 DNA primase / DnaG Primase


分子量: 16796.490 Da / 分子数: 3 / Fragment: Helicase Binding Domain (UNP residues 455-597) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: dnaG / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4D0
#3: タンパク質
Primosomal protein DnaI / Helicase loader DnaI


分子量: 36991.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU28980, dnaI, ytxA / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P06567
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→50 Å / Num. all: 26476 / Num. obs: 26476 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.175 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 6→6.21 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique all: 2472 / Rsym value: 1 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.768 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 3.614 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.39154 974 5.1 %RANDOM
Rwork0.37906 ---
obs0.37968 17944 72.27 %-
all-17944 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 140.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31981 0 0 0 31981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02232391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.97743641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09453977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.39224.6291508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.256156056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.74215228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.25023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02123892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1751.520082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.315232325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.121312309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2274.511316
LS精密化 シェル解像度: 6.1→6.242 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.773 8 -
Rwork0.865 123 -
all-131 -
obs--7.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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