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万見
- PDB-4m4c: Crystal structure of Rhodostomin ARGDP mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m4c
タイトルCrystal structure of Rhodostomin ARGDP mutant
要素Zinc metalloproteinase/disintegrin
キーワードTOXIN / Rhodostomin / disintegrin / integrin / ARGDP / Loss-of-function
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. ...Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc metalloproteinase/disintegrin
類似検索 - 構成要素
生物種Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chang, Y.T. / Jeng, W.Y. / Shiu, J.H. / Chen, C.Y. / Chuang, W.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Effect of C-terminal proline residue adjacent to the RGD motif in rhodostomin on its activity and structure
著者: Chang, Y.T. / Jeng, W.Y. / Shiu, J.H. / Chen, C.Y. / Chuang, W.J.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc metalloproteinase/disintegrin
B: Zinc metalloproteinase/disintegrin
C: Zinc metalloproteinase/disintegrin
D: Zinc metalloproteinase/disintegrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,70110
ポリマ－29,1254
非ポリマー5766
水1,802100
1
A: Zinc metalloproteinase/disintegrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2811
ポリマ－7,2811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Zinc metalloproteinase/disintegrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4733
ポリマ－7,2811
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Zinc metalloproteinase/disintegrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4733
ポリマ－7,2811
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Zinc metalloproteinase/disintegrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4733
ポリマ－7,2811
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.619, 42.637, 46.538
Angle α, β, γ (deg.)106.84, 103.86, 97.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 40 / Label seq-ID: 4 - 40

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Zinc metalloproteinase/disintegrin / Snake venom metalloproteinase rhodostoxin / SVMP / Hemorrhagic protein / Disintegrin rhodostomin / ...Snake venom metalloproteinase rhodostoxin / SVMP / Hemorrhagic protein / Disintegrin rhodostomin / RHO / Disintegrin kistrin / Platelet aggregation activation inhibitor


分子量: 7281.243 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 408-475 / 変異: P48A, M52P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 遺伝子: RHOD / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33
参照: UniProt: P30403, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG4000, 0.2M Ammonium sulfate, 5% PEG3350, 2% PEG200, 0.5% 2-propanol(External) , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
詳細: Vertically Focusing Mirror, Horizontally Focusing Single Crystal Si(111) Bent Monochromator
放射モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 20296 / Num. obs: 19633 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UCI

3uci


解像度: 1.8→23.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.14 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.843 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23787 1005 5.1 %RANDOM
Rwork0.17742 ---
obs0.18057 18626 96.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.75 Å2-0.46 Å2-1.72 Å2
2--0.67 Å20.11 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1892 0 30 100 2022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0211983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2572.0032687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7255260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.30723.55690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42715320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2561525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0221541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3481.51302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.83822072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3963681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.324.5613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.82631983
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 263 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.590.5
Bmedium positional0.570.5
Cmedium positional0.590.5
Dmedium positional0.690.5
Amedium thermal7.332
Bmedium thermal9.052
Cmedium thermal7.232
Dmedium thermal9.42
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.901 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 132 -
Rwork0.21 2574 -
obs--91.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0766-0.1214-0.52011.14880.50791.1771-0.01720.0107-0.0137-0.0187-0.00520.00490.02610.02490.02230.0992-0.0070.03660.0469-0.00160.0448-7.046920.2086-23.9661
20.0032-0.0244-0.1210.06930.14160.29940.0009-0.0303-0.0022-0.011-0.0097-0.01270.02390.00460.00880.0950.00250.04130.0450.00230.0561-13.8361-1.5561-32.9543
30.32450.1052-0.31350.21840.05260.204-0.00310.0160.0304-0.02990.0149-0.0128-0.0141-0.0391-0.01180.0931-0.00110.0380.05180.00330.0526-2.0274-5.0702-12.2658
4-0.07530.1927-0.03850.2185-0.13850.08870.01350.01380.02160.03160.0170.02960.00420.0193-0.03050.1026-0.00170.04090.04630.00380.05620.09159.4864-3.3522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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