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万見
- PDB-3uci: Crystal structure of Rhodostomin ARLDDL mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uci
タイトルCrystal structure of Rhodostomin ARLDDL mutant
要素disintegrin
キーワードTOXIN / disintegrin / integrin alphaVbeta3
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. ...Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc metalloproteinase/disintegrin
類似検索 - 構成要素
生物種Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Shiu, J.H. / Chen, C.Y. / Chen, Y.C. / Chang, Y.T. / Chang, Y.S. / Huang, C.H. / Chuang, W.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Design of Integrin AlphaVbeta3-Specific Disintegrin for Cancer Therapy
著者: Shiu, J.H. / Chen, C.Y. / Chen, Y.C. / Chang, Y.T. / Chang, Y.S. / Huang, C.H. / Chuang, W.J.
履歴
登録2011年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: disintegrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8481
ポリマ－7,8481
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.221, 33.437, 73.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 disintegrin / Disintegrin rhodostomin / RHO / Disintegrin kistrin / Platelet aggregation activation inhibitor


分子量: 7847.845 Da / 分子数: 1 / 変異: P48A, G50L, M52D, P53L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 遺伝子: RHOD / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P30403
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.8M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.24M lithium sulfide, 0.5% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日
詳細: Vertically Collimating Premirror, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 14777 / Num. obs: 14629 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 34.15
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 4.76 / Num. unique all: 1438 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J2L

1j2l


解像度: 1.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.468 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18924 737 5.1 %RANDOM
Rwork0.14506 ---
obs0.14729 14516 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.435 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数536 0 0 102 638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.021549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2841.976739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.115571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62124.07427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.1251594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.769156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.681.5357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8672564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9443192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.584.5175
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.0113549
LS精密化 シェル解像度: 1.351→1.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 56 -
Rwork0.257 1007 -
obs-1063 98.06 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.8356 Å / Origin y: -4.7989 Å / Origin z: -7.0177 Å
111213212223313233
T0.0091 Å2-0.0018 Å20.0018 Å2-0.0163 Å2-0.0002 Å2--0.0192 Å2
L0.0115 °20.0628 °20.0773 °2-0.3304 °20.2147 °2--0.1104 °2
S0.0072 Å °-0.0146 Å °-0.0036 Å °0.0332 Å °-0.0093 Å °0.0044 Å °0.0252 Å °-0.0186 Å °0.002 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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