PDB-4m2a: Crystal structure of the udp-glucose pyrophosphorylase from Leish...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m2a

タイトル

Crystal structure of the udp-glucose pyrophosphorylase from Leishmania major in the post-reactive state

要素

UDP-glucose pyrophosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / ROSSMANN-LIKE ALPHA/BETA/ALPHA SANDWICH FOLD / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / ciliary plasm / nuclear lumen / glycogen metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Fuehring, J. / Routier, F.H. / Lamerz, A.-C. / Baruch, P. / Gerardy-Schahn, R. / Fedorov, R.

引用

ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2013
タイトル: Catalytic Mechanism and Allosteric Regulation of Udp-Glucose Pyrophosphorylase from Leishmania Major
著者: Fuehring, J. / Routier, F.H. / Lamerz, A.-C. / Baruch, P. / Gerardy-Schahn, R. / Fedorov, R.

履歴

登録	2013年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m2a.cif.gz	125.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m2a.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m2bC 2oegS 2oef 4m28 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nzi-d 2oeg-d 5nzg-d 4m2b-d 5nzj-d 6j0v-1 4lll-2 6m2t-4 6x12-d 4aja-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (6) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose pyrophosphorylase

ヘテロ分子

56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.790, 89.090, 136.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2438- HOH
2	1	A-2640- HOH

詳細

BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC SOFTWARE USED: PISA APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

#1: タンパク質	UDP-glucose pyrophosphorylase 分子量: 56054.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_18_0990, UGP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q4QDU3, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M BIS-TRIS, 22% W/V PEG-MME- 2000, 20MM (NH4)2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: X13 / 波長: 0.806 / 波長: 0.8055 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月31日

放射

モノクロメーター: THE TRIANGULAR SHAPED GE (OR SI) MONOCHROMATOR CUT AT 7 FOR COMPRESSION OF THE BEAM IS 180 MM LONG, 1 MM THICK AND 40 MM IN HEIGHT AT THE BASE.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.806	1
2	0.8055	1

反射

解像度: 1.66→29.6 Å / Num. all: 57313 / Num. obs: 57313 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.93 % / B_iso Wilson estimate: 26.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.023 / Net I/σ(I): 28.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CCP4		モデル構築
CNS	1.1	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OEG

2oeg

解像度: 1.66→29.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.25	2929	RANDOM
R_work	0.19	-	-
all	0.19	57274	-
obs	0.19	57274	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3726	0	42	665	4433

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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