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- PDB-4m1x: Tetrameric ring structure of 201phi2-1p060 from Pseudomonas phage... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1x
タイトルTetrameric ring structure of 201phi2-1p060 from Pseudomonas phage 201phi2-1
要素uncharacterized protein 201phi2-1p060
キーワードUNKNOWN FUNCTION / tetramer / ring / ferredoxin-like fold
機能・相同性Gyrase A; domain 2 - #240 / : / Domain of unknown function (DUF6837) / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DUF6837 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Partridge, J.R. / Zehr, E.A. / Agard, D.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Tetrameric ring structure of 201phi2-1p060 from Pseudomonas phage 201phi2-1
著者: Partridge, J.R. / Zehr, E.A. / Agard, D.A.
履歴
登録2013年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein 201phi2-1p060
B: uncharacterized protein 201phi2-1p060
C: uncharacterized protein 201phi2-1p060
D: uncharacterized protein 201phi2-1p060
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2785
ポリマ－46,1724
非ポリマー1061
水7,855436
1
A: uncharacterized protein 201phi2-1p060
D: uncharacterized protein 201phi2-1p060
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein 201phi2-1p060
D: uncharacterized protein 201phi2-1p060
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3846
ポリマ－46,1724
非ポリマー2122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
2
B: uncharacterized protein 201phi2-1p060
C: uncharacterized protein 201phi2-1p060

B: uncharacterized protein 201phi2-1p060
C: uncharacterized protein 201phi2-1p060


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1724
ポリマ－46,1724
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
3
A: uncharacterized protein 201phi2-1p060
D: uncharacterized protein 201phi2-1p060
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein 201phi2-1p060
D: uncharacterized protein 201phi2-1p060
ヘテロ分子

B: uncharacterized protein 201phi2-1p060
C: uncharacterized protein 201phi2-1p060

B: uncharacterized protein 201phi2-1p060
C: uncharacterized protein 201phi2-1p060


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,55710
ポリマ－92,3448
非ポリマー2122
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
crystal symmetry operation4_567x+1/2,-y+3/2,-z+21
Buried area13840 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area25430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.098, 52.672, 62.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-178-

HOH

21C-123-

HOH

31C-135-

HOH

41C-189-

HOH

51C-219-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
uncharacterized protein 201phi2-1p060


分子量: 11543.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ)
プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL / 参照: UniProt: B3FK35
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.42 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.3M NaCl, and 25% PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158, 1.771203
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月2日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11581
21.7712031
反射解像度: 1.3→45 Å / Num. all: 72101 / Num. obs: 70298 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 14.66 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 24.96
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique all: 7060 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→29.703 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.144 2000 2.85 %random
Rwork0.1189 ---
all0.1196 72164 --
obs0.1196 70223 97.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 7 436 2866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2883613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.877986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2988-1.33130.19261100.16413767X-RAY DIFFRACTION77
1.3313-1.36730.18831300.13484416X-RAY DIFFRACTION89
1.3673-1.40760.14051410.11534820X-RAY DIFFRACTION98
1.4076-1.4530.11561440.09344910X-RAY DIFFRACTION100
1.453-1.50490.12841460.08634976X-RAY DIFFRACTION100
1.5049-1.56520.11931450.08734941X-RAY DIFFRACTION100
1.5652-1.63640.13971460.0925005X-RAY DIFFRACTION100
1.6364-1.72270.13111450.09144947X-RAY DIFFRACTION100
1.7227-1.83060.10611460.09054994X-RAY DIFFRACTION100
1.8306-1.97190.1221470.09534984X-RAY DIFFRACTION100
1.9719-2.17030.12871470.10095023X-RAY DIFFRACTION100
2.1703-2.48420.14661490.11695056X-RAY DIFFRACTION100
2.4842-3.12930.16851490.14335102X-RAY DIFFRACTION100
3.1293-29.71060.15461550.14035282X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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