ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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NatXray | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | REFMAC | 5.5.0110精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→28.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.703 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.17271 | 2062 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.13072 | - | - | - |
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obs | 0.13284 | 39059 | 93.27 % | - |
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all | - | 41174 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.097 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.01 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.01 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.55 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4488 | 0 | 16 | 389 | 4893 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.027 | 0.022 | 4654 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.876 | 1.904 | 6368 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.571 | 5 | 604 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg41.193 | 25.33 | 197 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.283 | 15 | 689 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg19.748 | 15 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.164 | 0.2 | 705 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.012 | 0.021 | 3564 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.206 | 1.5 | 2952 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.899 | 2 | 4740 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it3.099 | 3 | 1702 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.564 | 4.5 | 1621 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.321 | 132 | - |
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Rwork | 0.246 | 2317 | - |
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obs | - | - | 76.22 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.32 | -0.09 | -0.0591 | 0.4148 | 0.1976 | 0.4254 | -0.0268 | -0.0022 | 0.0091 | 0.0272 | 0.0255 | 0.0078 | 0.005 | 0.0039 | 0.0014 | 0.0146 | 0.0028 | 0.0037 | 0.0021 | 0.0021 | 0.008 | -2.3127 | -0.0024 | 32.881 | 2 | 0.4049 | 0.1304 | -0.017 | 0.4625 | 0.0366 | 0.356 | 0.0004 | 0.0049 | 0.0027 | -0.0117 | -0.002 | 0.0116 | -0.0209 | 0.0054 | 0.0017 | 0.0049 | 0.0052 | 0.0032 | 0.009 | 0.0034 | 0.0171 | 12.1567 | -22.5237 | 65.1148 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A1 - 296 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B1 - 296 | | |
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