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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m1p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the copper-sensing repressor CsoR with Cu(I) from Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 | ||||||
要素 | Copper-sensitive operon repressor (CsoR) | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REPRESSOR / Cu(I)-sensing transcriptional repressor / Cu(I) binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.564 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, F. / Dann III, C.E. / Giedroc, D.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Cu(I)-mediated allosteric switching in a copper-sensing operon repressor (CsoR). 著者: Chang, F.M. / Coyne, H.J. / Cubillas, C. / Vinuesa, P. / Fang, X. / Ma, Z. / Ma, D. / Helmann, J.D. / Garcia-de los Santos, A. / Wang, Y.X. / Dann, C.E. / Giedroc, D.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m1p.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m1p.ent.gz | 36.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m1p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4m1p_validation.pdf.gz | 415.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4m1p_full_validation.pdf.gz | 415.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4m1p_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4m1p_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4adzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 12||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11946.913 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) 株: NG80-2 / 遺伝子: GTNG_1533 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4INJ9 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CU1 / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8M sodium formate, 0.1M HEPES, 0.1M betaine hydrochloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月9日 / 詳細: Sagitally focused mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→50 Å / Num. all: 4463 / Num. obs: 4463 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 30.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique all: 4463 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4ADZ 解像度: 2.564→46.375 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.564→46.375 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.579 Å / Origin y: 45.5563 Å / Origin z: 70.6202 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |