[日本語] English
万見
- PDB-4m1i: X-ray crystal structure of Chlamydia trachomatis Mn(II)Fe(II)-NrdB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1i
タイトルX-ray crystal structure of Chlamydia trachomatis Mn(II)Fe(II)-NrdB
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / : / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Assembly of the Mn(IV)/Fe(III) Cofactor in the Class Ic Ribonucleotide Reductase from Chlamydia trachomatis.
著者: Dassama, L.M. / Krebs, C. / Bollinger, J.M. / Rosenzweig, A.C. / Boal, A.K.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,00715
ポリマ－170,9394
非ポリマー1,06811
水18,5011027
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0338
ポリマ－85,4692
非ポリマー5646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
2
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9737
ポリマ－85,4692
非ポリマー5045
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.897, 97.455, 99.315
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit


分子量: 42734.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: CT_828, nrdB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O84835, ribonucleoside-diphosphate reductase

-
非ポリマー , 5種, 1038分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1027 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M sodium acetate, 10% PEG3000, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1.078
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月17日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.848 Å / Num. all: 130723 / Num. obs: 130463 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SYY

1syy


解像度: 1.8→30.848 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.85 / SU B: 4.992 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2022 6567 5 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
obs0.174 130463 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.89 Å2 / Biso mean: 21.214 Å2 / Biso min: 4.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20.11 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10889 0 50 1027 11966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0111.95315094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.67151321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.124.555584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52152010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0651571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4691.56595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.936210683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60234576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7174.54411
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 470 -
Rwork0.239 9035 -
all-9505 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4107-0.0898-0.03760.04960.06780.2534-0.02940.07080.06330.0235-0.00080.0076-0.0047-0.010.03020.03710.0050.0020.03350.01850.0391.355418.6446-15.4938
20.5668-0.0194-0.07960.0339-0.02930.1831-0.03410.04310.00710.03490.0046-0.0080.00340.03510.02960.04630.0042-0.00970.03180.02210.040327.62258.5867-11.6313
30.5230.1989-0.29150.143-0.06830.3522-0.0684-0.0128-0.0073-0.03420.0038-0.04050.02660.00980.06460.0244-0.006-0.00020.03260.01260.070228.499325.196532.0007
40.3194-0.0894-0.08310.3043-0.08750.1826-0.0134-0.0312-0.006-0.04870.0229-0.0270.0535-0.0709-0.00940.0401-0.0261-0.00660.05430.02030.01931.295815.296936.7262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B-8 - 320
3X-RAY DIFFRACTION3C-5 - 327
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 328

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る