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- PDB-4m1d: Crystal structure of anti-HIV-1 Fab 447-52D in complex with V3 cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1d
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 Fab 447-52D in complex with V3 cyclic peptide MN
要素
  • Cyclic V3 Arch Peptide
  • Fab mAb 447-52D Heavy Chain
  • Fab mAb 447-52D Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / V3 LOOP / ANTIBODY-ANTIGEN INTERACTIONS / ENVELOPE
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...: / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lambda-chain (AA -20 to 215) / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Killikelly, A. / Kong, X.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Thermodynamic Signatures of the Antigen Binding Site of mAb 447-52D Targeting the Third Variable Region of HIV-1 gp120.
著者: Killikelly, A. / Zhang, H.T. / Spurrier, B. / Williams, C. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab mAb 447-52D Light Chain
H: Fab mAb 447-52D Heavy Chain
P: Cyclic V3 Arch Peptide
M: Fab mAb 447-52D Light Chain
I: Fab mAb 447-52D Heavy Chain
Q: Cyclic V3 Arch Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,86123
ポリマ－98,2966
非ポリマー1,56617
水19,0961060
1
L: Fab mAb 447-52D Light Chain
H: Fab mAb 447-52D Heavy Chain
P: Cyclic V3 Arch Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,25315
ポリマ－49,1483
非ポリマー1,10512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
2
M: Fab mAb 447-52D Light Chain
I: Fab mAb 447-52D Heavy Chain
Q: Cyclic V3 Arch Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6088
ポリマ－49,1483
非ポリマー4605
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.836, 59.781, 137.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Fab mAb 447-52D Light Chain


分子量: 22787.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2NUT2*PLUS
#2: 抗体 Fab mAb 447-52D Heavy Chain


分子量: 24763.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Cyclic V3 Arch Peptide


分子量: 1596.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P05877*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1060 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 134437 / % possible obs: 93.9 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.63-1.66149.5
1.66-1.69168.9
1.69-1.72181.7
1.72-1.76191.9
1.76-1.79197
1.79-1.84198.5
1.84-1.88199
1.88-1.93199.2
1.93-1.99199.4
1.99-2.05199.3
2.05-2.13199
2.13-2.21199.3
2.21-2.31199
2.31-2.43199.2
2.43-2.59199.5
2.59-2.79199.7
2.79-3.07199.7
3.07-3.51199.8
3.51-4.42199.9
4.42-50198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45.341 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 5302 4.98 %Automatically generated
Rwork0.186 ---
obs0.1875 106410 98.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6878 0 101 1060 8039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1619690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5072511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791095
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.29291810.26453301X-RAY DIFFRACTION98
1.8205-1.84190.28511610.26343291X-RAY DIFFRACTION98
1.8419-1.86430.26811700.25863383X-RAY DIFFRACTION98
1.8643-1.88790.26951490.25063313X-RAY DIFFRACTION98
1.8879-1.91280.26431730.26863307X-RAY DIFFRACTION98
1.9128-1.9390.26321620.23793336X-RAY DIFFRACTION98
1.939-1.96670.30031750.23043374X-RAY DIFFRACTION99
1.9667-1.9960.28981710.22053367X-RAY DIFFRACTION99
1.996-2.02720.26431870.21163295X-RAY DIFFRACTION99
2.0272-2.06050.24731840.2073394X-RAY DIFFRACTION99
2.0605-2.0960.24641760.20633306X-RAY DIFFRACTION99
2.096-2.13410.24291660.19983394X-RAY DIFFRACTION99
2.1341-2.17520.24841730.19823328X-RAY DIFFRACTION99
2.1752-2.21960.23511630.2033414X-RAY DIFFRACTION99
2.2196-2.26780.24081790.20173300X-RAY DIFFRACTION98
2.2678-2.32060.24971650.20013370X-RAY DIFFRACTION99
2.3206-2.37860.23521900.1973345X-RAY DIFFRACTION99
2.3786-2.44290.2521940.20233327X-RAY DIFFRACTION99
2.4429-2.51480.22551820.19673412X-RAY DIFFRACTION99
2.5148-2.59590.21281800.19193396X-RAY DIFFRACTION99
2.5959-2.68870.25211680.19873377X-RAY DIFFRACTION99
2.6887-2.79630.24441910.20213375X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-2.92360.21471680.18953400X-RAY DIFFRACTION99
2.9236-3.07770.2241690.19013422X-RAY DIFFRACTION100
3.0777-3.27050.2431930.17933403X-RAY DIFFRACTION100
3.2705-3.52290.18971890.16773427X-RAY DIFFRACTION100
3.5229-3.87730.15951660.14993411X-RAY DIFFRACTION100
3.8773-4.43790.14921810.14193455X-RAY DIFFRACTION100
4.4379-5.58960.15922050.14473443X-RAY DIFFRACTION100
5.5896-45.35570.2381910.19763442X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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