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Yorodumi- PDB-4m18: Crystal Structure of Surfactant Protein-D D325A/R343V mutant in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4m18 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Surfactant Protein-D D325A/R343V mutant in complex with trimannose (Man-a1,2Man-a1,2Man) | |||||||||
Components | Pulmonary surfactant-associated protein D | |||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / surfactant protein / carbohydrate recognition domain / lectin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / collagen trimer / surfactant homeostasis ...Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / collagen trimer / surfactant homeostasis / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of interleukin-2 production / lung alveolus development / macrophage chemotaxis / endocytic vesicle / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / regulation of cytokine production / multivesicular body / reactive oxygen species metabolic process / receptor-mediated endocytosis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / carbohydrate binding / lysosome / defense response to bacterium / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 3.203 Å | |||||||||
Authors | Goh, B.C. / Rynkiewicz, M.J. / Cafarella, T.R. / White, M.R. / Hartshorn, K.L. / Allen, K. / Crouch, E.C. / Calin, O. / Seeberger, P.H. / Schulten, K. / Seaton, B.A. | |||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Molecular mechanisms of inhibition of influenza by surfactant protein d revealed by large-scale molecular dynamics simulation. Authors: Goh, B.C. / Rynkiewicz, M.J. / Cafarella, T.R. / White, M.R. / Hartshorn, K.L. / Allen, K. / Crouch, E.C. / Calin, O. / Seeberger, P.H. / Schulten, K. / Seaton, B.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4m18.cif.gz | 668.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4m18.ent.gz | 556 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4m18.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m18 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4m17SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15881.684 Da / Num. of mol.: 12 Fragment: neck and carbohydrate recognition domain (UNP residues 229-375) Mutation: D325A/R343V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: COLEC7, PSPD, SFTP4, SFTPD / Plasmid: pET30A(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta blue / References: UniProt: P35247 #2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.61 Å3/Da / Density % sol: 65.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Purified D325A+R343V (12-15 mg/mL in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10 mM calcium acetate) + reservoir solution (0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.25 M sodium chloride, 20-22% w/v PEG3350) ...Details: Purified D325A+R343V (12-15 mg/mL in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10 mM calcium acetate) + reservoir solution (0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.25 M sodium chloride, 20-22% w/v PEG3350), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 14, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→15.024 Å / Num. obs: 45301 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 32.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 5.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 4M17 Resolution: 3.203→15.024 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.02 Å2 / Biso mean: 49.2482 Å2 / Biso min: 11.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.203→15.024 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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