PDB-4m0v: Crystal structure of E.coli SbcD with Mn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m0v

タイトル

Crystal structure of E.coli SbcD with Mn2+

要素

Exonuclease subunit SbcD

キーワード

HYDROLASE / meiotic recombination 11 homolog / double-strand break repair protein / nuclease / endonuclease / exonuclease

機能・相同性

Double Stranded RNA Binding Domain - #720 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Liu, S. / Tian, L.F. / Yan, X.X. / Liang, D.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis for DNA recognition and nuclease processing by the Mre11 homologue SbcD in double-strand breaks repair.
著者: Liu, S. / Tian, L.F. / Liu, Y.P. / An, X.M. / Tang, Q. / Yan, X.X. / Liang, D.C.

履歴

登録	2013年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m0v.cif.gz	574.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m0v.ent.gz	475.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ltySC 4lu9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ve9-d 6n76-1 1q40-2 6n6m-2 5kxh-d 6fz6-2 4lty-1 4nph-d 5w6z-2 6n6z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exonuclease subunit SbcD

B: Exonuclease subunit SbcD

C: Exonuclease subunit SbcD

D: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Exonuclease subunit SbcD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.162, 69.229, 95.187
Angle α, β, γ (deg.)	72.24, 84.00, 83.48
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Exonuclease subunit SbcD / Nuclease SbcCD / D subunit 分子量: 39467.609 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: sbcD, EKO11_3451, KO11_21615 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y9D8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9788 Å
検出器	日付: 2013年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 128912
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LTY

4lty

解像度: 1.83→19.967 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1986	6327	4.91 %
R_work	0.1618	-	-
obs	0.1636	128912	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.245 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.9813 Å²	-0.5368 Å²	4.5863 Å²
2-	-	-4.4572 Å²	0.8469 Å²
3-	-	-	-0.6242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→19.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10234	0	32	836	11102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.132	14727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.008	3770
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1936

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.83-1.8508	0.2698	229	0.2371	3924	96
1.8508-1.8726	0.257	210	0.2177	4078	96
1.8726-1.8954	0.2685	224	0.2127	3997	96
1.8954-1.9193	0.254	183	0.1938	4081	97
1.9193-1.9446	0.2268	232	0.1869	4051	97
1.9446-1.9712	0.2361	214	0.1762	4002	97
1.9712-1.9993	0.2267	194	0.1691	4089	97
1.9993-2.0291	0.2299	218	0.1683	4036	97
2.0291-2.0608	0.2136	210	0.1618	4055	97
2.0608-2.0946	0.2164	218	0.16	4067	97
2.0946-2.1306	0.228	222	0.1549	4067	97
2.1306-2.1693	0.194	221	0.1504	4043	97
2.1693-2.211	0.1949	233	0.1474	4054	97
2.211-2.2561	0.2044	211	0.1494	4096	98
2.2561-2.3051	0.2076	222	0.1496	4098	98
2.3051-2.3586	0.2273	182	0.1597	4093	98
2.3586-2.4175	0.2179	213	0.1644	4068	98
2.4175-2.4828	0.1947	191	0.1578	4132	98
2.4828-2.5557	0.2068	186	0.1479	4108	98
2.5557-2.638	0.1943	218	0.15	4127	98
2.638-2.732	0.1885	198	0.1535	4114	98
2.732-2.8411	0.2127	224	0.1651	4110	98
2.8411-2.97	0.1951	211	0.1671	4139	99
2.97-3.1261	0.2145	198	0.1646	4135	99
3.1261-3.3211	0.2023	193	0.1636	4135	99
3.3211-3.5762	0.2049	234	0.1591	4117	99
3.5762-3.9336	0.1632	223	0.1412	4163	99
3.9336-4.4971	0.1598	228	0.1353	4129	99
4.4971-5.6446	0.1488	197	0.135	4177	99
5.6446-19.9678	0.2118	190	0.2316	4100	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4215	1.1875	-1.1336	4.9955	-2.0652	4.9365	0.1591	-0.3397	0.1458	0.076	-0.1012	-0.2433	-0.5005	0.7341	0.0037	0.203	-0.0725	0.0221	0.2427	-0.0893	0.1247	16.0705	81.9629	90.0472
2	1.914	0.1237	-0.7714	2.921	-0.5482	2.2229	0.0458	-0.0537	0.0828	-0.1171	0.0463	-0.2057	-0.161	0.299	-0.076	0.1316	-0.0249	0.0166	0.1622	-0.0375	0.107	13.9081	78.821	83.9482
3	8.5263	-4.9515	2.648	2.0008	-1.4895	2.0023	-0.0934	-0.1836	-0.248	0.1409	-0.2592	-0.8368	0.5365	1.2314	0.3763	0.2553	0.1005	0.017	0.4415	0.0208	0.1934	21.6108	72.6137	84.659
4	3.5489	-2.3388	-0.2412	7.7576	-0.3577	5.1578	-0.0296	0.0104	-0.1788	-0.2004	0.0167	-0.0027	0.3549	0.0847	0.0263	0.1199	-0.0142	0.0176	0.153	-0.0072	0.0931	9.3505	71.7373	80.6805
5	4.9345	0.5332	3.295	1.9001	1.6872	3.1762	-0.0179	0.4341	-0.4348	0.1155	0.3061	-0.1541	0.3401	0.407	-0.2732	0.2756	0.0204	0.0525	0.2738	-0.0425	0.2372	7.6035	63.0089	91.3405
6	4.3478	-0.9461	-0.0025	4.1483	-0.2279	3.5607	0.0828	0.2923	0.101	-0.1733	0.0568	0.3535	-0.1454	-0.5123	-0.1414	0.164	0.0131	0.0368	0.2576	0.006	0.1246	-5.1363	74.3703	90.1248
7	4.3613	0.359	-1.8397	5.9192	-1.785	4.25	0.2316	-0.2018	0.2858	0.4057	0.1252	0.4262	-0.5628	-0.2615	-0.3239	0.1978	0.029	0.0618	0.1916	-0.0096	0.1439	-1.7662	81.0964	97.498
8	1.7865	0.881	-0.1782	8.9228	-2.4104	1.5567	0.1807	-0.4452	0.4368	0.7398	0.0368	0.125	-0.9979	0.2202	-0.2138	0.4997	-0.0639	0.0935	0.3007	-0.113	0.2138	11.2562	86.9322	96.5926
9	6.9066	6.6425	-3.5796	8.6658	-5.2032	5.366	0.3248	-0.6993	-0.0164	0.6372	-0.2323	-0.3589	-0.785	0.9147	-0.0396	0.3742	-0.1296	0.0202	0.4145	-0.1322	0.1717	13.8808	81.4515	100.9203
10	0.1953	0.654	0.3582	3.3767	0.9642	0.6924	-0.2208	-0.2346	0.418	0.3022	0.1889	-0.2495	-0.1753	0.1818	-0.003	1.3721	-0.5561	0.1127	-0.2714	-0.6225	0.3512	18.0815	108.6516	91.7949
11	0.3571	-0.0746	0.7227	3.5559	1.1413	1.9093	0.2934	-0.1817	0.1671	1.0238	-0.08	0.4564	-0.55	-0.1167	-0.145	1.4228	-0.159	0.3	0.1892	-0.1622	0.4581	11.4674	116.47	84.0941
12	9.0071	8.2496	4.2588	9.4631	2.9609	2.472	-0.0148	-0.0214	0.0647	-0.0571	0.095	-0.6831	-0.3444	0.2723	-0.1333	1.0487	-0.3207	0.1786	0.0822	-0.0024	0.3109	19.2853	107.1232	84.907
13	1.6335	-0.2736	-0.1235	2.2882	1.0444	4.3252	0.0291	0.1192	0.0758	-0.0818	-0.0224	0.1819	-0.0517	-0.4006	0.0151	0.0937	0.0078	0.0154	0.1835	0.0443	0.1258	31.0046	71.5683	119.3018
14	2.0111	9.9536	-6.6014	9.5251	-3.363	9.0446	-0.0767	0.0008	-0.182	0.1446	-0.0315	0.0746	0.0996	-0.1779	0.061	0.153	0.038	0.003	0.1462	0.0046	0.1511	32.5134	59.6788	125.4702
15	9.9065	5.0947	3.0191	5.8621	1.6772	2.2706	0.0922	-0.2989	-0.332	0.181	-0.1013	-0.0043	0.4797	-0.147	-0	0.1978	0.0217	0.0429	0.1697	0.0266	0.14	39.7551	57.8931	116.0922
16	6.5366	-6.33	4.2364	7.2916	-2.9259	3.8796	0.0125	-0.4165	-0.125	0.2363	0.1264	-0.4569	0.2615	0.3037	-0.1495	0.2141	0.1271	-0.0493	0.4075	0.052	0.337	63.6334	60.4026	126.0238
17	7.9335	6.9633	2.5502	6.1221	1.9186	2.0094	-0.0978	0.1419	-0.8392	-0.2708	0.0418	-0.7641	0.8182	0.6307	0.0294	0.2481	0.0846	0.0428	0.2502	0.0387	0.282	54.2918	59.6281	115.2638
18	3.465	1.1605	0.3651	4.6875	0.8459	3.1138	0.0241	0.0809	-0.0713	-0.2247	-0.0446	-0.2242	0.1403	0.0812	0.02	0.1458	0.0382	0.0346	0.1848	0.0316	0.0975	46.8808	65.2132	112.265
19	3.9883	-1.4403	-1.7171	2.625	1.2423	3.4028	0.0945	0.361	0.1563	-0.2197	-0.0459	-0.1912	-0.1063	0.1357	-0.0473	0.1479	-0.0043	0.0447	0.1965	0.0496	0.1379	46.697	71.5087	108.9047
20	1.0324	1.2647	2.2829	1.5942	2.6349	5.629	-0.1125	0.2656	-0.1581	-0.8371	-0.0495	-0.191	0.1721	0.3639	0.1707	0.6302	0.0462	0.2176	0.2637	0.1229	0.5762	38.1408	88.0503	111.0482
21	1.3649	-0.0779	0.1309	5.756	-0.8218	0.4422	0.1573	0.3691	0.3191	-0.6182	-0.0311	0.0495	-0.6959	-0.1778	-0.1438	0.4747	0.045	0.0684	0.3202	0.1417	0.2064	33.6247	83.136	106.7919
22	0.3669	1.531	-0.6004	7.2502	-1.4396	2.2342	-0.1373	0.7186	0.865	-0.5334	0.0639	0.2739	-0.6918	-0.2106	0.1069	0.7506	0.149	0.0183	0.3312	0.1628	0.4911	27.5183	97.999	115.0418
23	0.7493	-0.0526	0.2944	0.3352	0.0584	0.5967	-0.1222	-0.1575	0.4076	0.304	-0.0857	-0.0956	-0.2758	0.1306	0.1419	1.2725	0.0932	0.322	0.0894	0.0544	0.7546	39.8487	108.6743	121.4815
24	0.4537	0.6753	1.7067	7.8584	-0.7032	7.9694	-0.32	-0.0922	0.7305	0.0195	-0.2304	0.1133	-0.8102	-0.3701	0.5689	0.717	0.1551	0.1247	0.2011	0.0386	0.5473	30.903	99.928	119.7089
25	6.7661	-5.0786	-5.583	2.0022	6.7607	5.3674	-0.1003	-0.2108	-0.8768	-0.0474	0.1956	0.6472	0.4706	0.0729	-0.0531	0.2081	-0.0024	-0.0464	0.1427	-0.0035	0.2682	32.3535	47.597	59.3471
26	2.1199	-1.4223	-0.1071	2.6292	0.1615	0.7007	-0.0284	-0.0562	-0.0452	0.0606	0.0354	0.1499	0.0574	-0.0254	-0.0094	0.1073	-0.0139	0.0027	0.0928	-0.0038	0.083	14.1905	67.635	58.4552
27	0.9066	1.9103	-1.2127	5.3125	-2.4605	2.0472	0.0455	-0.0906	0.0296	0.2536	-0.0558	-0.0299	-0.0246	0.0661	0.0013	0.1158	0.0135	-0.0017	0.1413	-0.0159	0.1187	19.806	67.755	65.7866
28	9.0176	-9.3576	-1.5141	2.0116	0.1855	2.0185	-0.2916	-0.4227	0.0502	1.055	0.102	0.1478	-0.2044	0.1394	0.0871	0.2974	-0.0329	-0.0214	0.1815	-0.0016	0.1328	22.5121	68.769	73.7396
29	1.2622	-0.8574	0.3407	1.4892	-1.8866	3.0793	0.0066	-0.1174	0.1775	0.2749	-0.0583	-0.3732	-0.1672	0.1533	0.0584	0.1124	-0.0134	-0.0052	0.1485	-0.0266	0.1889	32.2612	67.6886	64.1613
30	2.2521	2.9604	-2.5192	3.8923	-3.3124	2.8213	0.363	-0.1716	0.7861	0.5115	-0.344	-0.5069	-0.9215	0.5662	-0.0004	0.3859	-0.0729	0.0334	0.3674	-0.0087	0.6781	40.8341	90.3651	54.4067
31	4.3785	1.3676	-0.2779	2.0208	-6.0008	8.1297	0.2538	0.0856	0.5017	0.271	-0.2752	-0.8883	-0.4427	0.6741	0.0646	0.2091	-0.0404	0.061	0.22	-0.0253	0.3865	41.4904	78.2897	54.0407
32	2.1013	-1.0849	-0.1283	3.4711	-0.6586	0.8984	0.0603	0.1699	0.1092	-0.2743	-0.0711	-0.365	0.0008	0.1229	0.0232	0.1574	-0.0128	0.0384	0.1242	-0.0177	0.124	28.9181	67.8485	49.8967
33	2.6043	-0.2359	1.3656	1.2413	-1.3058	2.0014	0.2818	0.7143	-0.4876	-0.7818	-0.1722	0.5967	0.0893	-0.1615	-0.1271	0.4367	0.0483	-0.1549	0.359	-0.1005	0.2039	4.9348	67.8921	39.7246
34	7.6498	-3.8841	4.5176	4.1952	-1.0241	7.9904	-0.1171	0.2782	-1.078	-0.4055	-0.0799	-0.0502	0.6011	-0.8525	0.2239	0.254	-0.0363	-0.1124	0.2431	-0.0679	0.306	-1.0175	72.263	42.5023
35	2.2988	1.6176	-0.7006	8.7163	-2.3098	1.8445	0.1323	0.1598	0.426	-0.6375	-0.016	0.9659	-0.1788	-0.6594	-0.0898	0.3952	0.0834	-0.1832	0.5023	0.082	0.6408	-4.9713	83.4425	36.0371
36	9.1377	0.9753	8.5799	9.0457	-2.7751	9.5909	0.0246	0.2861	-0.4227	-0.141	0.017	-0.0111	-0.1568	-0.2115	0.0152	0.2376	0.0334	-0.0315	0.1891	-0.0281	0.2313	0.7395	79.372	42.7988
37	1.7084	1.0376	0.2057	2.6707	0.2699	0.8569	-0.0226	0.1178	0.0029	-0.0783	0.006	0.0509	0.0065	-0.0128	0.0098	0.0962	0.018	0.0147	0.0929	0.0022	0.0888	22.471	101.2181	52.741
38	1.6515	-2.8849	-0.2651	2.0012	5.3258	3.2321	-0.0151	0.0968	0.3247	0.0165	0.1833	-0.7847	-0.0495	-0.0113	-0.1093	0.1407	-0.0181	-0.0126	0.1411	0.0153	0.2271	6.2074	101.4363	48.3141
39	1.7739	2.0879	0.2689	6.9785	4.0987	3.8855	0.0052	0.0262	0.4026	-0.3158	-0.0966	0.5801	-0.2763	-0.1272	0.0899	0.0981	0.0344	-0.022	0.1499	0.0439	0.1869	8.7013	108.9865	52.997
40	3.5737	-4.8281	1.1749	9.4884	-0.464	0.8127	-0.2399	-0.2916	0.4049	0.3328	-0.1119	0.5427	-0.2004	-0.3399	0.3212	0.4776	-0.0096	0.1359	0.4335	-0.1067	0.739	4.8753	130.3425	65.3745
41	7.5588	7.0594	4.4258	8.5072	7.7195	9.1178	-0.0898	-0.0281	0.5245	-0.2899	-0.2775	0.8961	-0.3983	-0.4996	0.3677	0.1563	0.068	-0.0173	0.2131	0.024	0.3603	0.0682	111.4515	57.0396
42	3.8301	2.902	-1.0673	5.737	0.3461	0.7704	-0.1106	-0.07	0.2498	0.1844	0.0451	0.4941	-0.0893	0.0135	0.0678	0.1182	0.0363	0.0199	0.0817	0.0172	0.1408	12.3317	108.7861	63.7809
43	7.0223	4.2272	-0.0702	8.1689	3.3817	2.2469	0.06	-0.3198	0.3748	0.1882	-0.1594	0.6086	-0.1477	-0.1856	0.1011	0.1957	0.0221	0.0354	0.1122	0.0176	0.1005	9.9041	109.2939	66.3936
44	2.014	-1.5722	0.6083	1.6876	0.9898	2.6679	-0.1667	-0.296	-0.1319	0.28	-0.0174	0.2216	0.1056	-0.0976	0.2125	0.2384	0.0044	0.0366	0.1243	-0.0087	0.1447	17.485	102.9398	69.1213
45	3.464	0.6273	1.5988	1.8665	0.5404	2.4965	0.1583	-0.6892	-0.2297	0.5349	-0.1642	-0.2568	0.0882	0.1814	0.0008	0.3036	-0.0044	-0.036	0.2559	0.0477	0.1556	27.9102	97.2547	71.3376
46	5.4898	0.6355	0.1292	2.1014	-3.1113	4.8161	-0.0413	-1.0827	0.0156	0.9834	0.0385	-0.5902	0.2092	0.7686	-0.0475	0.3615	0.0399	-0.1274	0.4347	-0.034	0.2483	43.5178	105.6797	75.4936
47	0.6189	0.0973	0.0251	0.0603	-0.142	0.4793	-0.1059	-0.0874	-0.1237	0.2455	-0.0343	-0.737	-0.2317	0.7146	0.1236	0.5502	-0.0285	-0.2776	0.8725	-0.0531	1.1099	52.11	108.6259	76.4427
48	8.889	5.0497	5.2315	6.4115	-0.3701	6.2241	-0.2768	-0.6779	0.5455	0.5823	-0.1645	0.2022	-0.3877	0.5611	0.4269	0.2881	0.0251	-0.1102	0.3621	-0.0403	0.3231	42.8926	108.6005	72.8916

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -2:36)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 37:64)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 65:72)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 73:107)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 108:120)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 121:202)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 203:240)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 241:261)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 262:279)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 280:309)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 310:329)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 330:338)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID -1:92)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 93:107)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 108:135)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 136:153)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 154:164)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 165:202)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 203:244)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 245:252)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 253:296)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 297:310)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 311:328)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 330:338)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN C AND RESID -3:2)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN C AND RESID 3:63)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN C AND RESID 64:91)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN C AND RESID 92:102)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN C AND RESID 103:136)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN C AND RESID 137:147)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN C AND RESID 148:165)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN C AND RESID 166:265)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN C AND RESID 266:297)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN C AND RESID 299:310)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN C AND RESID 311:332)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN C AND RESID 333:339)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN D AND RESID -3:109)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN D AND RESID 110:117)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN D AND RESID 118:140)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN D AND RESID 141:151)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(CHAIN D AND RESID 152:173)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(CHAIN D AND RESID 174:201)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(CHAIN D AND RESID 202:225)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(CHAIN D AND RESID 226:247)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(CHAIN D AND RESID 248:298)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(CHAIN D AND RESID 299:317)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(CHAIN D AND RESID 318:331)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(CHAIN D AND RESID 332:340)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)