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- PDB-4m0q: Ebola virus VP24 structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m0q
タイトルEbola virus VP24 structure
要素Membrane-associated protein VP24
キーワードVIRAL PROTEIN / Ebola virus virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host intracellular interferon activity / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral budding from plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-associated protein VP24
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.921 Å
データ登録者Xu, W. / Leung, D.W. / Borek, D. / Amarasinghe, G.K.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: The Marburg Virus VP24 Protein Interacts with Keap1 to Activate the Cytoprotective Antioxidant Response Pathway.
著者: Edwards, M.R. / Johnson, B. / Mire, C.E. / Xu, W. / Shabman, R.S. / Speller, L.N. / Leung, D.W. / Geisbert, T.W. / Amarasinghe, G.K. / Basler, C.F.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated protein VP24
B: Membrane-associated protein VP24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8422
ポリマ－51,8422
非ポリマー00
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.775, 71.775, 191.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated protein VP24


分子量: 25921.072 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 11-231 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: VP24 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05322
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 150 mM MES, pH 6.4, 20% Jeffamine M-600, pH 7.0, 50 mM cesium chloride, 6 mM barium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9790128 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9790128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 39161 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 31.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.92-1.959.70.9631100
1.95-1.999.70.8131100
1.99-2.039.70.6491100
2.03-2.079.70.5271100
2.07-2.119.70.4171100
2.11-2.169.70.3571100
2.16-2.229.70.3091100
2.22-2.289.70.2891100
2.28-2.349.70.2311100
2.34-2.429.70.1941100
2.42-2.519.70.1591100
2.51-2.619.70.1251100
2.61-2.729.70.1181100
2.72-2.879.60.11100
2.87-3.059.60.0851100
3.05-3.289.60.0831100
3.28-3.619.50.0751100
3.61-4.149.40.0671100
4.14-5.219.20.0491100
5.21-508.60.051199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D9O

4d9o


解像度: 1.921→33.597 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1959 5.01 %
Rwork0.2095 --
obs0.2107 39067 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.5979 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.921→33.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3528 0 0 170 3698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5344892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.41334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.921-1.96930.29061430.26292574X-RAY DIFFRACTION100
1.9693-2.02260.28581330.24222614X-RAY DIFFRACTION100
2.0226-2.08210.24431400.23162604X-RAY DIFFRACTION100
2.0821-2.14930.24911130.2152629X-RAY DIFFRACTION100
2.1493-2.22610.25931420.21952588X-RAY DIFFRACTION100
2.2261-2.31520.24041440.22782626X-RAY DIFFRACTION100
2.3152-2.42050.2671300.22812613X-RAY DIFFRACTION100
2.4205-2.54810.271520.2172621X-RAY DIFFRACTION100
2.5481-2.70770.23761550.22512604X-RAY DIFFRACTION100
2.7077-2.91670.26811360.21652655X-RAY DIFFRACTION100
2.9167-3.210.25231500.22112649X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.6740.21341330.19792700X-RAY DIFFRACTION100
3.674-4.62690.19851520.18532726X-RAY DIFFRACTION100
4.6269-33.60250.20961360.20332905X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.9455 Å / Origin y: -13.3729 Å / Origin z: -37.2174 Å
111213212223313233
T0.1954 Å2-0.0005 Å20.0231 Å2-0.1612 Å20.0306 Å2--0.2387 Å2
L1.5397 °20.4596 °22.2643 °2-0.3784 °20.8731 °2--4.1567 °2
S-0.0226 Å °-0.1065 Å °-0.0181 Å °-0.0176 Å °0.0085 Å °0.0595 Å °0.0169 Å °-0.1888 Å °-0.1018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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