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万見
- PDB-4lzz: Nucleotide-induced asymmetry within atpase activator ring drives ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lzz
タイトルNucleotide-induced asymmetry within atpase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis
要素Transcriptional regulator (NtrC family)
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / AAA+ ATPase / bacterial enhancer binding protein / s54-dependent transcription activator / sigma54 / s54-RNAP
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Sysoeva, T.A. / Chowdhury, S. / Guo, L. / Nixon, B.T.
引用
ジャーナル: Genes Dev / 年: 2013
タイトル: Nucleotide-induced asymmetry within ATPase activator ring drives σ54-RNAP interaction and ATP hydrolysis.
著者: Tatyana A Sysoeva / Saikat Chowdhury / Liang Guo / B Tracy Nixon /
要旨: It is largely unknown how the typical homomeric ring geometry of ATPases associated with various cellular activities enables them to perform mechanical work. Small-angle solution X-ray scattering, ...It is largely unknown how the typical homomeric ring geometry of ATPases associated with various cellular activities enables them to perform mechanical work. Small-angle solution X-ray scattering, crystallography, and electron microscopy (EM) reconstructions revealed that partial ATP occupancy caused the heptameric closed ring of the bacterial enhancer-binding protein (bEBP) NtrC1 to rearrange into a hexameric split ring of striking asymmetry. The highly conserved and functionally crucial GAFTGA loops responsible for interacting with σ54-RNA polymerase formed a spiral staircase. We propose that splitting of the ensemble directs ATP hydrolysis within the oligomer, and the ring's asymmetry guides interaction between ATPase and the complex of σ54 and promoter DNA. Similarity between the structure of the transcriptional activator NtrC1 and those of distantly related helicases Rho and E1 reveals a general mechanism in homomeric ATPases whereby complex allostery within the ring geometry forms asymmetric functional states that allow these biological motors to exert directional forces on their target macromolecules.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a sigma54-dependent transcription activator NtrC1 from Aquifex aeolicus bound to ground state ATP analog
著者: Sysoeva, T.A. / Yennawar, N. / Allaire, M. / Nixon, B.T.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (NtrC family)
B: Transcriptional regulator (NtrC family)
C: Transcriptional regulator (NtrC family)
D: Transcriptional regulator (NtrC family)
E: Transcriptional regulator (NtrC family)
F: Transcriptional regulator (NtrC family)
G: Transcriptional regulator (NtrC family)
H: Transcriptional regulator (NtrC family)
I: Transcriptional regulator (NtrC family)
J: Transcriptional regulator (NtrC family)
K: Transcriptional regulator (NtrC family)
L: Transcriptional regulator (NtrC family)
M: Transcriptional regulator (NtrC family)
N: Transcriptional regulator (NtrC family)
O: Transcriptional regulator (NtrC family)
P: Transcriptional regulator (NtrC family)
Q: Transcriptional regulator (NtrC family)
R: Transcriptional regulator (NtrC family)
S: Transcriptional regulator (NtrC family)
T: Transcriptional regulator (NtrC family)
U: Transcriptional regulator (NtrC family)
V: Transcriptional regulator (NtrC family)
W: Transcriptional regulator (NtrC family)
X: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)749,80071
ポリマ－737,55824
非ポリマー12,24247
水00
1
A: Transcriptional regulator (NtrC family)
B: Transcriptional regulator (NtrC family)
C: Transcriptional regulator (NtrC family)
D: Transcriptional regulator (NtrC family)
E: Transcriptional regulator (NtrC family)
F: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,42418
ポリマ－184,3906
非ポリマー3,03412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18700 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area64440 Å2
手法PISA
2
G: Transcriptional regulator (NtrC family)
H: Transcriptional regulator (NtrC family)
I: Transcriptional regulator (NtrC family)
J: Transcriptional regulator (NtrC family)
K: Transcriptional regulator (NtrC family)
L: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,42418
ポリマ－184,3906
非ポリマー3,03412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18570 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area63670 Å2
手法PISA
3
M: Transcriptional regulator (NtrC family)
N: Transcriptional regulator (NtrC family)
O: Transcriptional regulator (NtrC family)
P: Transcriptional regulator (NtrC family)
Q: Transcriptional regulator (NtrC family)
R: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,46417
ポリマ－184,3906
非ポリマー3,07511
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17460 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area63780 Å2
手法PISA
4
S: Transcriptional regulator (NtrC family)
T: Transcriptional regulator (NtrC family)
U: Transcriptional regulator (NtrC family)
V: Transcriptional regulator (NtrC family)
W: Transcriptional regulator (NtrC family)
X: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,48918
ポリマ－184,3906
非ポリマー3,09912
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17560 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area63460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.970, 130.830, 208.230
Angle α, β, γ (deg.)90.01, 90.01, 89.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'X')

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要素

#1: タンパク質 ...
Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量: 30731.598 Da / 分子数: 24 / 断片: ATPase Domain (UNP residues 121-387) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Met plus residues 121-387 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_1117, ntrC1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL2 (DE3) Rosetta / 参照: UniProt: O67198
#2: 化合物...
ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14BeF3N5O10P2
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 20% ethylene glycol, crystal soaked in fresh mother liquor prior to flash cooling, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→44.27 Å / Num. all: 206949 / Num. obs: 256925 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0.9 / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 1.76 % / Biso Wilson estimate: 67.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.87-2.971.620.5110.8176.1
2.97-3.091.730.50.8191.1
3.09-3.231.740.480.9191.7
3.23-3.41.750.4331192
3.4-3.621.760.3761.2191.6
3.62-3.891.770.2711.7190.4
3.89-4.291.780.1952.3189.4
4.29-4.911.780.1183.8186.4
4.91-6.181.790.1034.6188.3
6.18-44.271.810.03212.1190.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.21→44.269 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.59 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 38.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3223 1068 1.02 %
Rwork0.2671 --
obs0.2676 104578 50.53 %
all-104578 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.0796 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→44.269 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47612 0 759 0 48371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12766367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.67119075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0457264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048325
Refine LS restraints NCS数: 29779 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 13.414 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2096-3.35570.3678400.37822932X-RAY DIFFRACTION11
3.3557-3.53250.4473630.37185945X-RAY DIFFRACTION23
3.5325-3.75370.3909800.31068276X-RAY DIFFRACTION32
3.7537-4.04340.3521940.299210793X-RAY DIFFRACTION42
4.0434-4.44990.33711350.262113781X-RAY DIFFRACTION54
4.4499-5.09310.32321950.239917202X-RAY DIFFRACTION67
5.0931-6.41360.3142210.288521648X-RAY DIFFRACTION85
6.4136-44.27280.29072400.243522933X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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