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- PDB-4lzf: A novel domain in the microcephaly protein CPAP suggests a role i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lzf
タイトルA novel domain in the microcephaly protein CPAP suggests a role in centriole architecture
要素
  • Centrosomal P4.1-associated protein
  • SCL-interrupting locus protein homolog
キーワードstructural protein / protein binding / G-box / beta-sheet / Centriole organisation
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / body morphogenesis / centriole elongation / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / protein localization to centrosome / smoothened signaling pathway ...TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / body morphogenesis / centriole elongation / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / protein localization to centrosome / smoothened signaling pathway / centrosome duplication / cilium assembly / spindle assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centriole / tubulin binding / mitotic spindle organization / neuron cellular homeostasis / cell cortex / protein domain specific binding / centrosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
lipopolysaccharide transport protein A fold - #20 / SCL-interrupting locus protein / SCL-interrupting locus protein N-terminus / T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / lipopolysaccharide transport protein A fold / : / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Centromere protein J / SCL-interrupting locus protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Hatzopoulos, G.N. / Erat, M.C. / Cutts, E. / Rogala, K. / Slatter, L. / Stansfeld, P.J. / Vakonakis, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of the G-box domain of the microcephaly protein CPAP suggests a role in centriole architecture.
著者: Hatzopoulos, G.N. / Erat, M.C. / Cutts, E. / Rogala, K.B. / Slater, L.M. / Stansfeld, P.J. / Vakonakis, I.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal P4.1-associated protein
B: SCL-interrupting locus protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0716
ポリマ－22,4902
非ポリマー5814
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.580, 38.390, 70.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.680, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Centrosomal P4.1-associated protein


分子量: 20860.330 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 942-1121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: cenpj / プラスミド: pGEX6p2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7FCY1
#2: タンパク質・ペプチド SCL-interrupting locus protein homolog


分子量: 1629.771 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 414-428 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q8JGS1

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非ポリマー , 4種, 103分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月26日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→48.42 Å / Num. all: 64649 / Num. obs: 20094 / % possible obs: 74.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.3 % / Biso Wilson estimate: 30.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.72-1.760.60.4032.1164987531.8
7.69-48.421.40.03236.569525578.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4LD1

4ld1


解像度: 1.72→48.42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.7961 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 1022 5.09 %RANDOM
Rwork0.1898 ---
obs0.1917 20091 89.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.65 Å2 / Biso mean: 42.1292 Å2 / Biso min: 15.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1335 0 33 99 1467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1141947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.501551
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.72-1.81070.2817830.25941742182557
1.8107-1.92410.24711500.22762397254780
1.9241-2.07270.25271540.18842932308697
2.0727-2.28130.23591610.19182996315799
2.2813-2.61140.26211510.21193002315399
2.6114-3.290.22811600.21483000316099
3.29-48.44050.21611630.16753000316396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5721.1616-1.64621.0519-1.3245.60420.14920.46040.15760.1859-0.13760.0329-0.1662-0.6491-0.11460.22580.04030.02640.16870.03310.156-7.433914.0531-6.9944
24.62381.5739-0.29933.2682-0.47694.1021-0.04540.1469-0.5117-0.05890.0369-0.2541-0.28140.15420.01320.2086-0.0691-0.01180.34150.02830.2082-30.1489-5.376419.7523
34.543-0.6147-0.56125.3743-1.95554.13920.13640.4948-0.0695-0.2910.0659-0.42950.83610.14150.34350.45-0.0335-0.13470.4360.04250.31886.234410.2853-6.5098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 953 through 1046 )A953 - 1046
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 1047 through 1107)A1047 - 1107
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 414 through 425)B414 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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