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万見
- PDB-4lzd: Human DNA polymerase mu- Apoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lzd
タイトルHuman DNA polymerase mu- Apoenzyme
要素DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
キーワードTRANSFERASE / polymerase / DNA break repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X ...DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Moon, A.F. / Pryor, J.M. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Sustained active site rigidity during synthesis by human DNA polymerase mu.
著者: Moon, A.F. / Pryor, J.M. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2445
ポリマ－40,0541
非ポリマー1904
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.192, 124.192, 50.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-616-

HOH

21A-689-

HOH

31A-889-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase


分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1
断片: Polymerase Mu Loop2 deletion variant, UNP residues 132-494
由来タイプ: 組換発現
詳細: Modified version of the pGEX4T3 vector backbone, where a TEV protease cleavage site has been inserted downstream of the thrombin cleavage site, and the sequence of the multicloning site has ...詳細: Modified version of the pGEX4T3 vector backbone, where a TEV protease cleavage site has been inserted downstream of the thrombin cleavage site, and the sequence of the multicloning site has been replaced by that from the pMALX vector (Moon et al, 2010). Three TGA stop codons have been inserted downstream of the MCS, each utilizing a different reading frame.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals were grown by mixing 1 uL of concentrated protein (10.7mg/mL) with 1 uL of mother liquor (50 mM imidazole pH 8, 0.8M sodium citrate) at room temperature, using the hanging drop vapor ...詳細: Crystals were grown by mixing 1 uL of concentrated protein (10.7mg/mL) with 1 uL of mother liquor (50 mM imidazole pH 8, 0.8M sodium citrate) at room temperature, using the hanging drop vapor diffusion technique. The crystals reached usable size within 24 hours, and were then directly transferred to a cryoprotectant solution containing 50mM imidazole pH 8, 75mM NaCl, 1M sodium citrate, 10% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月3日 / 詳細: VariMaxHF mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→50 Å / Num. all: 34121 / Num. obs: 34121 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 22.27 Å2 / Rsym value: 0.056 / Χ2: 1.073 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.924.80.41432451.047196.4
1.92-1.995.80.30833201.078198.4
1.99-2.086.10.21633421.036198.9
2.08-2.196.50.16433981.037199.9
2.19-2.337.60.13733661.0971100
2.33-2.519.10.11234211.0871100
2.51-2.76100.08834211.0911100
2.76-3.1611.80.06734581.0831100
3.16-3.9914.20.04334841.0821100
3.99-5013.50.03736661.055199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IHM (molecule B) was used as the starting molecule for molecular replacement for a lower resolution structure, which was then used as the starting model for the current higher resolution structure.

2ihm


解像度: 1.849→25.856 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8503 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 1708 5.01 %random
Rwork0.1809 ---
all-34121 --
obs-34070 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.3 Å2 / Biso mean: 19.6347 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.849→25.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2616 0 11 328 2955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.283759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.081017
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8489-1.90330.30661370.2292569270696
1.9033-1.96470.30951380.21122596273497
1.9647-2.03490.25791400.19662636277699
2.0349-2.11640.25191410.178526582799100
2.1164-2.21260.24591410.17526842825100
2.2126-2.32920.23051430.1826782821100
2.3292-2.4750.23681390.194427002839100
2.475-2.6660.26231430.193527192862100
2.666-2.93390.25061440.192326912835100
2.9339-3.35770.21551450.181227522897100
3.3577-4.22730.18451440.150927672911100
4.2273-25.85890.21231530.181629123065100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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