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万見
- PDB-4lzb: Uracil binding pocket in Vaccinia virus uracil DNA glycosylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lzb
タイトルUracil binding pocket in Vaccinia virus uracil DNA glycosylase
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta DNA glycosylase fold / viral processivity factor / DNA binding component / DNA repair / A20
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URACIL / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Schormann, N. / Chattopadhyay, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of the uracil complex of Vaccinia virus uracil DNA glycosylase.
著者: Schormann, N. / Banerjee, S. / Ricciardi, R. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
C: Uracil-DNA glycosylase
D: Uracil-DNA glycosylase
E: Uracil-DNA glycosylase
F: Uracil-DNA glycosylase
G: Uracil-DNA glycosylase
H: Uracil-DNA glycosylase
I: Uracil-DNA glycosylase
J: Uracil-DNA glycosylase
K: Uracil-DNA glycosylase
L: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,04474
ポリマ－327,03712
非ポリマー4,00762
水29,1301617
1
A: Uracil-DNA glycosylase
F: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,32015
ポリマ－54,5062
非ポリマー81313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uracil-DNA glycosylase
E: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,62521
ポリマ－54,5062
非ポリマー1,11919
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Uracil-DNA glycosylase
K: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9028
ポリマ－54,5062
非ポリマー3966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Uracil-DNA glycosylase
H: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,12111
ポリマ－54,5062
非ポリマー6159
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
G: Uracil-DNA glycosylase
J: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,16012
ポリマ－54,5062
非ポリマー65410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
I: Uracil-DNA glycosylase
L: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9177
ポリマ－54,5062
非ポリマー4105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.470, 114.045, 302.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 218 / Label seq-ID: 21 - 238

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 27253.119 Da / 分子数: 12 / 変異: D17N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: VACV-WR-109 / 遺伝子: ACAM3000_MVA_101, D4, MVA101R, UNG / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q91UM2, uracil-DNA glycosylase

-
非ポリマー , 6種, 1679分子

#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG8000, 10% DMSO, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→49.64 Å / Num. all: 198586 / Num. obs: 198856 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
RAPDデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DOF CHAIN A

4dof


解像度: 2.03→49.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.792 / SU ML: 0.132 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24607 10025 5.1 %RANDOM
Rwork0.21288 ---
obs0.21455 188435 94.93 %-
all-198460 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→49.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21115 0 224 1617 22956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01922182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0491.95830168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.737348551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.72152657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92624.202978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.12153766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5311591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.23312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02124713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0913.12210574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0913.12210573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8464.67313246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0683.2511608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3124 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.585
2BLOOSE POSITIONAL0.675
3CLOOSE POSITIONAL0.595
4DLOOSE POSITIONAL0.615
5ELOOSE POSITIONAL0.595
6FLOOSE POSITIONAL0.635
7GLOOSE POSITIONAL0.65
8HLOOSE POSITIONAL0.565
9ILOOSE POSITIONAL0.655
10JLOOSE POSITIONAL0.615
11KLOOSE POSITIONAL0.725
12LLOOSE POSITIONAL0.625
1ALOOSE THERMAL9.6310
2BLOOSE THERMAL10.0410
3CLOOSE THERMAL4.3710
4DLOOSE THERMAL4.6710
5ELOOSE THERMAL8.1510
6FLOOSE THERMAL7.1610
7GLOOSE THERMAL4.6210
8HLOOSE THERMAL4.1110
9ILOOSE THERMAL5.3410
10JLOOSE THERMAL8.5310
11KLOOSE THERMAL12.0510
12LLOOSE THERMAL10.0210
LS精密化 シェル解像度: 2.029→2.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 704 -
Rwork0.266 12574 -
obs--86.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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