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- PDB-4lz3: F95H Epi-isozizaene synthase: Complex with Mg, inorganic pyrophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lz3
タイトルF95H Epi-isozizaene synthase: Complex with Mg, inorganic pyrophosphate and benzyl triethyl ammonium cation
要素Epi-isozizaene synthase
キーワードLYASE / Class I terpene cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / : / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / HYDROGENPHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / Epi-isozizaene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Li, R. / Chou, W. / Himmelberger, J.A. / Litwin, K. / Harris, G. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Reprogramming the Chemodiversity of Terpenoid Cyclization by Remolding the Active Site Contour of epi-Isozizaene Synthase.
著者: Li, R. / Chou, W.K. / Himmelberger, J.A. / Litwin, K.M. / Harris, G.G. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epi-isozizaene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,61311
ポリマ－43,7071
非ポリマー90610
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.707, 75.644, 107.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Epi-isozizaene synthase / EIZS / Sesquiterpene cyclase / Sesquiterpene synthase


分子量: 43706.984 Da / 分子数: 1 / 変異: F95H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase

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非ポリマー , 6種, 278分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-BTM / N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / ベンジルトリエチルアミニウム


分子量: 192.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H22N
#6: 化合物 ChemComp-PI / HYDROGENPHOSPHATE ION / 水素ホスファ-ト


分子量: 95.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO4P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細At pH 7.5, theoretically, both dihydrogen phosphate and hydrogen phosphate ions are present with a ...At pH 7.5, theoretically, both dihydrogen phosphate and hydrogen phosphate ions are present with a ratio around 1:2. In the crystal structure of F95H EIZS, the dihydrogen phosphate /hydrogen phosphate ion is surrounded and stabilized by three Arginine side chains, one Histidine side chain, one glycerol and two water molecules. The contacts involving hydrogen bonding interaction and salt bridge interaction between each oxygen of dihydrogen phosphate /hydrogen phosphate ion and surrounding molecules indicates that hydrogen phosphate ion would be a reasonable fit in such electropositive environment.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: A 0.6 uL drop of protein solution [10 mg/mL F95H EIZS, 20 mM Tris-HCl (pH 7.5), 300 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10% glycerol, 2 mM TCEP, 2 mM sodium pyrophosphate, 2 mM BTAC] was added to 0.6 uL of ...詳細: A 0.6 uL drop of protein solution [10 mg/mL F95H EIZS, 20 mM Tris-HCl (pH 7.5), 300 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10% glycerol, 2 mM TCEP, 2 mM sodium pyrophosphate, 2 mM BTAC] was added to 0.6 uL of precipitant solution [40 mM KH2PO4, 16% polyethylene glycol 8000, and 20% glycerol] and equilibrated against a 110 uL well reservoir of precipitant solution., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日
詳細: Monochromator: Double silicon (111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification. Mirror: ...詳細: Monochromator: Double silicon (111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification. Mirror: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically focusing at 6.6:1 demagnification.
放射モノクロメーター: Double silicon (111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→50 Å / Num. obs: 23067 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 11.859
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 4.917 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1391)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID: 3KB9

3kb9


解像度: 2.095→43.829 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 2000 8.69 %random
Rwork0.1603 ---
all0.1603 23067 --
obs0.1642 23015 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→43.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2780 0 55 268 3103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7453992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2291051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0948-2.14720.23561330.15871391X-RAY DIFFRACTION94
2.1472-2.20530.21531390.15351468X-RAY DIFFRACTION100
2.2053-2.27020.2061420.15421491X-RAY DIFFRACTION100
2.2702-2.34340.22961420.15491497X-RAY DIFFRACTION100
2.3434-2.42720.21691400.15711466X-RAY DIFFRACTION100
2.4272-2.52440.20561420.15561489X-RAY DIFFRACTION100
2.5244-2.63920.18051410.1541487X-RAY DIFFRACTION100
2.6392-2.77840.21081440.16341505X-RAY DIFFRACTION100
2.7784-2.95240.24171410.16311496X-RAY DIFFRACTION100
2.9524-3.18030.20081440.16641508X-RAY DIFFRACTION100
3.1803-3.50020.21391430.16141499X-RAY DIFFRACTION100
3.5002-4.00640.19161470.15291535X-RAY DIFFRACTION100
4.0064-5.04650.16451470.14721551X-RAY DIFFRACTION100
5.0465-43.83830.21461550.18941632X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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