PDB-4lyw: Crystal Structure of BRD4(1) bound to inhibitor XD14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lyw

タイトル

Crystal Structure of BRD4(1) bound to inhibitor XD14

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

PROTEIN BINDING/INHIBITOR / BRD4 inhibitor / bromodomain / epigenetic reader protein / acetylated lysine / histone tail / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Einsle, O.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: 4-Acyl pyrroles: mimicking acetylated lysines in histone code reading.
著者: Lucas, X. / Wohlwend, D. / Hugle, M. / Schmidtkunz, K. / Gerhardt, S. / Schule, R. / Jung, M. / Einsle, O. / Gunther, S.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lyw.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lyw.ent.gz	52.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lyw_validation.pdf.gz	736 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lyw_full_validation.pdf.gz	736.9 KB	表示
XML形式データ	4lyw_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	4lyw_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/4lyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/4lyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lyiC 4lysC 4lzrC 4lzsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qb3-d 4o76-3 6prt-d 4o77-2 5d3j-d 6wgx-2 5lj1-d 6uvm-d 4cfl-d 4uyd-d 4o7c-d 6mh7-2 4o75-d 6mh7-1 6ps9-d 5ovb-1 5ti2-d 5nnc-1 5acy-2 6mh1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.810, 47.920, 57.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15083.378 Da / 分子数: 1 / 断片: FIRST BROMODOMAIN DOMAIN (UNP RESIDUES 44-168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-21Q / 4-acetyl-N-[5-(diethylsulfamoyl)-2-hydroxyphenyl]-3-ethyl-5-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamide / XD-14 分子量: 421.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇N₃O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: NaFormate, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月13日

放射

モノクロメーター: VariMax VHF focusing mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54187 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→57.8 Å / Num. obs: 8320 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 29.545 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.44

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.86-1.91	0.345	3.44	1037	449	1	60.2
1.91-1.96	0.589	1.92	1586	597	1	85.4
1.96-2.02	0.379	2.61	1558	579	1	83.3
2.02-2.08	0.329	3.28	1563	587	1	83.7
2.08-2.15	0.252	4.34	1526	560	1	85.8
2.15-2.23	0.202	5.06	1449	531	1	83.2
2.23-2.31	0.172	6.15	1381	512	1	83.1
2.31-2.41	0.165	6.63	1357	498	1	83.8
2.41-2.51	0.14	7.86	1304	484	1	84.3
2.51-2.63	0.097	10.29	1284	472	1	84.9
2.63-2.78	0.079	12.71	1193	442	1	84.5
2.78-2.95	0.059	16.32	1126	418	1	85.8
2.95-3.15	0.054	18.64	1137	415	1	85.4
3.15-3.4	0.038	23.6	1030	375	1	83.9
3.4-3.73	0.034	28.27	900	333	1	82.2
3.73-4.17	0.026	33.54	842	302	1	80.5
4.17-4.81	0.024	37.97	734	268	1	80
4.81-5.89	0.022	37.01	634	229	1	79.5
5.89-8.33	0.022	35.12	500	178	1	75.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.66 Å
Translation	2.5 Å	19.66 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.562 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.2176 / WR_factor R_work: 0.1773 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8412 / SU B: 8.855 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.2461 / SU R_free: 0.1853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2355	407	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1966	-	-	-
obs	0.1985	7976	94.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.18 Å² / B_iso mean: 32.1409 Å² / B_iso min: 15.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.562 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1061	0	29	98	1188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.103	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.503	26.071	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.705	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.483	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.022	915

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	27	-
R_work	0.336	547	-
all	-	574	-
obs	-	-	97.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	27.3252	-8.5069	-10.9057	6.1916	0.8409	19.1497	0.1	0.6757	-0.2371	0.1042	0.0523	0.2839	-0.1333	-0.8888	-0.1523	0.0538	-0.0046	-0.0072	0.0566	0.0117	0.1233	-0.3953	10.0464	7.5183
2	9.1011	-4.538	-3.3809	2.2727	1.4688	6.3509	0.1073	0.8155	0.1978	-0.0841	-0.3918	-0.109	0.4576	-0.5688	0.2845	0.1475	-0.0704	-0.0413	0.1413	0.0085	0.1423	10.5976	6.7382	-6.0394
3	5.8941	1.6713	-3.9612	3.6885	-4.2474	16.5744	-0.0247	0.1485	-0.463	0.0289	-0.241	-0.2774	0.4717	0.5773	0.2657	0.0227	0.0134	-0.0111	0.0504	0.0153	0.1102	24.041	1.5738	2.4366
4	12.7126	-1.7546	-4.0292	1.3349	-0.2064	1.8854	-0.1331	-0.3686	-0.7983	0.1828	-0.1711	-0.0138	0.0582	0.3134	0.3042	0.2429	0.0396	-0.0706	0.1214	0.0858	0.1589	14.5221	1.7036	18.5312
5	8.3775	3.6716	-1.8724	5.9026	-3.297	6.4809	0.2118	-0.5544	0.1148	0.4565	0.0932	0.4641	-0.4181	-0.3943	-0.305	0.1025	0.0511	0.0042	0.1102	0.028	0.0785	-0.1912	13.9638	16.844
6	3.5209	-0.7773	-2.0752	1.5744	0.2722	4.9169	0.0759	0.0226	-0.0771	0.0017	-0.0758	-0.0557	0.0131	0.104	-0.0002	0.0156	-0.0048	-0.0224	0.0098	0.0106	0.0342	15.3438	8.4376	6.5944
7	6.1868	-0.3475	2.8163	1.7597	1.8457	4.1112	-0.6194	-1.0647	0.4317	0.6361	0.2562	0.129	-0.1727	-0.1035	0.3632	0.9051	-0.024	0.0342	0.273	-0.0505	0.0678	10.7423	15.11	25.0211
8	17.0046	-2.816	-11.2889	4.791	0.5267	7.9119	-0.1122	-0.9093	0.1095	0.4484	0.1361	-0.2323	-0.0616	0.6048	-0.0239	0.1311	-0.0394	-0.1027	0.1973	0.048	0.1244	24.8297	8.475	18.0532
9	14.6505	12.0802	8.8499	16.6656	-3.5937	23.0385	-0.5533	0.5569	-1.1333	-0.6979	0.6839	-1.2359	-0.041	0.0568	-0.1306	0.1822	0.0613	0.0328	0.1774	0.0566	0.3059	31.9195	6.1402	1.8348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	87 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	104 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	136 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	151 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	164 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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