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万見
- PDB-4lyn: Crystal structure of cyclin-dependent kinase 2 (cdk2-wt) complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lyn
タイトルCrystal structure of cyclin-dependent kinase 2 (cdk2-wt) complex with (2s)-n-(5-(((5-tert-butyl-1,3-oxazol-2-yl)methyl)sulfanyl)-1,3-thiazol-2-yl)-2-phenylpropanamide
要素Cyclin-dependent kinase 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE / MITOSIS / CELL CYCLE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich ...Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1YG / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sack, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002
タイトル: Discovery of Aminothiazole Inhibitors of Cyclin-Dependent Kinase 2: Synthesis, X-Ray Crystallographic Analysis, and Biological Activities
著者: Kim, K.S. / Kimball, S.D. / Misra, R.N. / Rawlins, D.B. / Hunt, J.T. / Xiao, H.-Y. / Lu, S. / Qian, L. / Han, W.C. / Shan, W. / Mitt, T. / Cai, Z.-W. / Poss, M.A. / Zhu, H. / Sack, J.S. / ...著者: Kim, K.S. / Kimball, S.D. / Misra, R.N. / Rawlins, D.B. / Hunt, J.T. / Xiao, H.-Y. / Lu, S. / Qian, L. / Han, W.C. / Shan, W. / Mitt, T. / Cai, Z.-W. / Poss, M.A. / Zhu, H. / Sack, J.S. / Tokarski, J.S. / Chang, C.Y. / Pavletich, N. / Kamath, A. / Humphreys, W.G. / Marathe, P. / Bursuker, I. / Kellar, K.A. / Roongta, U. / Batorsky, R. / Mulheron, J.G. / Bol, D. / Fairchild, C.R. / Lee, F.Y. / Webster, K.R.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3782
ポリマ－33,9761
非ポリマー4021
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.460, 71.840, 72.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-1YG / (2S)-N-(5-{[(5-tert-butyl-1,3-oxazol-2-yl)methyl]sulfanyl}-1,3-thiazol-2-yl)-2-phenylpropanamide


分子量: 401.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.71 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: HI-STAR / 日付: 1998年1月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 18817 / % possible obs: 98.16 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19.65 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.5精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CDK2 NATIVE

解像度: 2→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9305 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8808 / SU R Cruickshank DPI: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 1000 5.39 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.1874 18540 95.83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4727 Å20 Å20 Å2
2---4.8838 Å20 Å2
3---2.4111 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.213 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 27 90 2417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012387HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.013239HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d822SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes360HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2387HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion304SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2821SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 124 5.19 %
Rwork0.2412 2267 -
all0.2434 2391 -
obs--95.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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