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- PDB-4lyh: Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lyh
タイトルCrystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently bound to K-Ras G12C
要素GTPase KRas
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / GTPase / GDP bound / small molecule inhibitor / covalent binder / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / Signaling by CSF3 (G-CSF) / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / homeostasis of number of cells within a tissue / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / female pregnancy / Signaling by SCF-KIT / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Regulation of RAS by GAPs / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-21F / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.371 Å
データ登録者Ostrem, J.M. / Peters, U. / Sos, M.L. / Wells, J.A. / Shokat, K.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: K-Ras(G12C) inhibitors allosterically control GTP affinity and effector interactions.
著者: Ostrem, J.M. / Peters, U. / Sos, M.L. / Wells, J.A. / Shokat, K.M.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: GTPase KRas
C: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,61210
ポリマ－58,0583
非ポリマー2,5537
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8923
ポリマ－19,3531
非ポリマー5392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3123
ポリマ－19,3531
非ポリマー9592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4084
ポリマ－19,3531
非ポリマー1,0553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.029, 83.525, 86.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras / GTPase KRas / N-terminally processed


分子量: 19352.785 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS isoform 2B, KRAS2, RASK2 / プラスミド: pJexpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01116
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-21F / N-{1-[N-(4-chloro-5-iodo-2-methoxyphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide


分子量: 515.794 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H23ClIN3O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IN THE STRUCTURE REPRESENTS ISOFORM 2B OF GTPASE KRAS. THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE ...THE SEQUENCE IN THE STRUCTURE REPRESENTS ISOFORM 2B OF GTPASE KRAS. THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE CANONICAL SEQUENCE AS FOLLOW: 151-153 (RVE TO GVD) AND 165-169 (QYRLK TO KHKEK)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.9M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.1M Na-cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月13日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 1.5 sec, detector distance 150.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.051 / 数: 367245
反射解像度: 1.37→20 Å / Num. obs: 94659 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 21.547
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 3.675 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 367245

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.37 Å19.12 Å
Translation1.37 Å19.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIXdev_1402精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.371→19.122 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 2007 2.12 %
Rwork0.1648 --
obs0.1653 94646 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.68 Å2 / Biso mean: 27.5828 Å2 / Biso min: 9.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.371→19.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 146 389 4318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0234082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9325546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2811583
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3708-1.4050.26841440.22126513665799
1.405-1.4430.23861460.20965856731100
1.443-1.48540.22291410.189766056746100
1.4854-1.53340.20231390.174566296768100
1.5334-1.58820.18831480.164266086756100
1.5882-1.65170.17611450.158465956740100
1.6517-1.72680.1951330.161666386771100
1.7268-1.81780.2011540.156865976751100
1.8178-1.93160.18881390.152966546793100
1.9316-2.08060.14811400.145266166756100
2.0806-2.28960.1641430.142666386781100
2.2896-2.62020.14971440.145766556799100
2.6202-3.29850.18091440.166966426786100
3.2985-19.12390.21521470.18096664681199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7938-0.65940.86383.2538-0.50832.31450.042-0.0857-0.1341-0.0688-0.024-0.21450.15860.29890.01110.07190.01710.01630.1550.00810.0983102.437815.7513149.3516
21.8540.95430.03792.45050.78674.4993-00.0325-0.0178-0.3047-0.0761-0.1642-0.10480.38790.08560.20070.02730.00780.22640.02020.2008104.941513.2115146.1977
31.7147-1.10060.16353.1057-0.01071.7620.1520.183-0.205-0.532-0.13140.15320.12550.0349-0.00030.14340.0059-0.03310.1007-0.01710.112290.476217.9315141.593
42.646-0.38490.4533.58710.27882.70830.01720.0495-0.0814-0.07350.03380.22920.0207-0.03130.01540.082-0.0073-0.0050.08320.01890.094989.780221.0162149.0467
57.6692.61123.32353.80011.80742.26760.0402-0.29190.0660.1571-0.06990.26270.0155-0.12840.01010.1256-0.01020.01410.12140.02270.120587.635621.0066153.5108
67.49183.31151.07527.10392.44156.34590.072-0.2449-0.43090.4487-0.02190.19550.5431-0.1522-0.04640.15260.0075-0.00780.14120.03990.131694.22318.1479155.2181
71.9297-0.73430.49723.3341-0.50762.62170.0106-0.15160.44720.06720.09210.2455-0.4093-0.1108-0.05690.1640.01720.03060.1227-0.01210.208986.278717.0604180.8453
83.076-2.27323.77262.2635-2.45135.6682-0.0676-0.2390.35030.36410.06440.01-1.0041-0.1337-0.03720.4514-0.03110.12630.2182-0.03010.378790.171824.2897179.4435
96.20296.0655-6.05546.9177-6.46826.1285-0.0314-0.12750.2226-0.06570.06140.1497-0.2221-0.2012-0.08080.25430.0532-0.00790.202-0.0380.321379.99417.6917182.0272
104.3221-0.90130.81542.2191-0.49021.7022-0.0156-0.06180.1961-0.04460.04880.4308-0.11-0.342-0.02530.11950.0241-0.02240.14880.00550.196778.02699.8641178.8702
114.3545-0.43761.04793.0377-0.37872.37660.0950.1342-0.1484-0.1787-0.03940.26470.0805-0.087-0.06050.09360.0135-0.00670.06850.00160.076887.78542.905176.7555
127.40251.94342.21883.6308-1.74592.78910.07720.23380.0941-0.526-0.0319-0.10760.03860.282-0.05710.21120.02070.02620.1565-0.00830.119294.27690.2506168.0338
135.71362.52824.68144.71094.39656.2032-0.00560.06840.2389-0.18690.2654-0.6163-0.46860.4088-0.00990.1687-0.0130.01290.09760.02250.148896.955611.7762176.8279
144.6868-0.39871.08732.8598-0.79085.79410.02270.6910.4676-0.67550.00650.1105-0.3314-0.1240.09680.26960.0313-0.02140.18310.0730.203186.795217.5561167.6599
151.8978-1.19840.00491.8471-0.72.29690.1681-0.4983-0.20560.5211-0.1807-0.13040.35980.0527-0.04660.2338-0.0127-0.04820.20880.07140.139773.214128.5677206.0026
160.1320.1490.14827.96110.19513.82630.0182-0.2422-0.22870.4647-0.15290.75-0.01690.09510.13670.2606-0.0420.04710.36440.02010.223173.88631.5385209.9048
172.48120.42241.07132.87730.65633.8646-0.0191-0.21320.17740.0564-0.05030.002-0.4774-0.09390.06660.160200.00280.10930.00660.097870.585739.2732196.9352
182.88082.47610.70675.8027-0.46282.2115-0.18110.4975-0.2021-0.50150.1881-0.25480.0420.1325-0.00630.1235-0.0030.02910.169-0.00460.123874.732432.5749187.3904
193.17260.12590.69645.59051.84274.30740.1223-0.1951-0.27040.29230.0319-0.64290.07760.5163-0.17260.11780.0024-0.03450.21750.07770.180381.591930.2401201.1389
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 48 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 49 through 64 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 65 through 83 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 84 through 126 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 127 through 137 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 138 through 151 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 152 through 169 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 25 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 26 through 74 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 75 through 116 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 117 through 143 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 144 through 168 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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