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- PDB-4ly4: Crystal structure of peptidoglycan deacetylase (HP0310) with Zinc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ly4
タイトルCrystal structure of peptidoglycan deacetylase (HP0310) with Zinc from Helicobacter pylori
要素peptidoglycan deacetylase
キーワードHYDROLASE / metallo enzyme / peptidoglycan / TIM barrel / deacetylase / Peptidoglycan Deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / xylan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan deacetylase PgdA-like / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Characterization of the divalent metal binding site of bacterial polysaccharide deacetylase using crystallography and quantum chemical calculations.
著者: Shaik, M.M. / Bhattacharjee, N. / Bhattacharjee, A. / Field, M.J. / Zanotti, G.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Structure summary
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32014年10月8日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptidoglycan deacetylase
B: peptidoglycan deacetylase
C: peptidoglycan deacetylase
D: peptidoglycan deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5298
ポリマ－150,2674
非ポリマー2624
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18480 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area38240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.640, 153.930, 153.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-486-

HOH

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要素

#1: タンパク質
peptidoglycan deacetylase


分子量: 37566.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: G27 / 遺伝子: HP0310, HPG27_289 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B5ZA76
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate, 0.1M Tri Sodium citrate pH 5.6, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 1.2821 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月8日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal monochromator, Crystal type Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2821 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31.85 Å / Num. all: 68530 / Num. obs: 68530 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1352)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QBU

3qbu


解像度: 2.199→30.475 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 3386 4.94 %
Rwork0.1691 --
obs0.171 68497 99.87 %
all-68530 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→30.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9428 0 4 326 9758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19913214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6893527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1994-2.23080.22731570.19222659X-RAY DIFFRACTION98
2.2308-2.26410.19371480.17192613X-RAY DIFFRACTION100
2.2641-2.29950.21971470.15492674X-RAY DIFFRACTION100
2.2995-2.33720.22191420.1642702X-RAY DIFFRACTION100
2.3372-2.37750.22941380.16652698X-RAY DIFFRACTION100
2.3775-2.42070.20461110.15992706X-RAY DIFFRACTION100
2.4207-2.46720.20341540.16832665X-RAY DIFFRACTION100
2.4672-2.51760.21881420.16532722X-RAY DIFFRACTION100
2.5176-2.57230.20641500.17572652X-RAY DIFFRACTION100
2.5723-2.63210.22681150.1842721X-RAY DIFFRACTION100
2.6321-2.69790.25421230.19662746X-RAY DIFFRACTION100
2.6979-2.77080.26021340.22697X-RAY DIFFRACTION100
2.7708-2.85220.24881620.19192701X-RAY DIFFRACTION100
2.8522-2.94420.2631350.19382677X-RAY DIFFRACTION100
2.9442-3.04940.2461290.19642737X-RAY DIFFRACTION100
3.0494-3.17130.19521120.18242732X-RAY DIFFRACTION100
3.1713-3.31550.23991470.1822720X-RAY DIFFRACTION100
3.3155-3.49010.20471160.16962756X-RAY DIFFRACTION100
3.4901-3.70840.19641560.15862698X-RAY DIFFRACTION100
3.7084-3.99410.16981450.15192719X-RAY DIFFRACTION100
3.9941-4.3950.17241570.14542758X-RAY DIFFRACTION100
4.395-5.02850.16611350.14062743X-RAY DIFFRACTION100
5.0285-6.32610.19451620.16862768X-RAY DIFFRACTION100
6.3261-30.47780.20621690.16822847X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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