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- PDB-4lvy: Structure of the THF riboswitch bound to pemetrexed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lvy
タイトルStructure of the THF riboswitch bound to pemetrexed
要素THF riboswitch
キーワードRNA / Aptamers / Nucleotide / Bacillus subtilis / Bacterial Proteins / Base Sequence / Binding Sites / Calorimetry / Folic Acid / Gene Expression Regulation / Bacterial / Guanine / Leucovorin / Ligands / Magnesium / Molecular Sequence Data / Nucleic Acid Conformation / Point Mutation / Protein Binding / Protein Structure / Secondary / Riboswitch / S-Adenosylmethionine / Streptococcus mutans / Terminator Regions / Genetic / Tetrahydrofolates / Thermodynamics / Transcription / three-way junction / pseudoknot / regulation / ncRNA / Pemetrexed Binding / mRNA
機能・相同性Chem-LYA / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Trausch, J.J. / Batey, R.T.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A Disconnect between High-Affinity Binding and Efficient Regulation by Antifolates and Purines in the Tetrahydrofolate Riboswitch.
著者: Trausch, J.J. / Batey, R.T.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The structure of a tetrahydrofolate-sensing riboswitch reveals two ligand binding sites in a single aptamer.
著者: Trausch, J.J. / Ceres, P. / Reyes, F.E. / Batey, R.T.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THF riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7043
ポリマ－28,8491
非ポリマー8552
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.370, 68.440, 155.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 THF riboswitch


分子量: 28849.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 in vitro transcribed
#2: 化合物 ChemComp-LYA / 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID / LY231514 / ペメトレキセド


分子量: 427.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N5O6 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2,4-methyl-pentanediol, spermine, sodium cacodylate, sodium chloride, dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1051 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.94 Å / Num. all: 20704 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 4.4 / Observed criterion σ(I): 4.4 / 冗長度: 3.7 %
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.154 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→34.22 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1032 5 %
Rwork0.2104 --
obs0.212 20628 99.54 %
all-20704 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1913 44 139 2096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9533408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6531083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10550.3611460.29532768X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.23730.3071420.29612719X-RAY DIFFRACTION100
2.2373-2.41010.34451450.28112748X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.65250.30911480.27992781X-RAY DIFFRACTION100
2.6525-3.03610.28231480.26722820X-RAY DIFFRACTION100
3.0361-3.82440.22121470.18512809X-RAY DIFFRACTION99
3.8244-34.2250.18881560.162951X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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