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- PDB-4lvk: MobM Relaxase Domain (MOBV; Mob_Pre) bound to plasmid pMV158 oriT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lvk
タイトルMobM Relaxase Domain (MOBV; Mob_Pre) bound to plasmid pMV158 oriT DNA (22nt+3'Phosphate). Mn-bound crystal structure at pH 4.6
要素
  • ACTTTAT oligonucleotide
  • ATAAAGTATAGTGTGpo oligonucleotide
  • Plasmid recombination enzyme
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / MOB Relaxase Family / MOBv / relaxase/endonuclease / oriT DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Plasmid recombination enzyme / Plasmid recombination enzyme / BirA Bifunctional Protein; domain 2 - #30 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Plasmid recombination enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Pluta, R. / Boer, D.R. / Coll, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of a histidine-DNA nicking/joining mechanism for gene transfer and promiscuous spread of antibiotic resistance.
著者: Pluta, R. / Boer, D.R. / Lorenzo-Diaz, F. / Russi, S. / Gomez, H. / Fernandez-Lopez, C. / Perez-Luque, R. / Orozco, M. / Espinosa, M. / Coll, M.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmid recombination enzyme
B: ACTTTAT oligonucleotide
C: ATAAAGTATAGTGTGpo oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3115
ポリマ－30,2333
非ポリマー782
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.743, 112.743, 91.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Plasmid recombination enzyme / Mobilization protein


分子量: 23168.918 Da / 分子数: 1 / 断片: Relaxase Domain of MobM protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: pre, mob / プラスミド: pQE-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P13925

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 ACTTTAT oligonucleotide


分子量: 2087.409 Da / 分子数: 1 / 断片: oligonucleotide_1 mimicking pMV158 oriT DNA hairpin / 由来タイプ: 合成
詳細: Oligonucleotides were obtained from Biomers (Ulm, Germany).
#3: DNA鎖 ATAAAGTATAGTGTGpo oligonucleotide


分子量: 4976.263 Da / 分子数: 1 / 断片: oligonucleotide_2 mimicking pMV158 oriT DNA hairpin / 由来タイプ: 合成
詳細: Oligonucleotides were obtained from Biomers (Ulm, Germany).

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非ポリマー , 3種, 69分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: vapor diffusion + seeding / pH: 4.6
詳細: 22% PEG 4000, 0.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium Acetate pH4.6., VAPOR DIFFUSION + seeding, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→37 Å / Num. obs: 13543 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.37→2.51 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BESTデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→36.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 18.27 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24987 715 5 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.20312 13543 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.28 Å22.28 Å20 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3----7.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→36.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1566 453 2 67 2088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0182112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8641.92926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1735191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30124.2789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.71515303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5811512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.923.038764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9654.549952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6742.881346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.372→2.434 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 51 -
Rwork0.336 914 -
obs--92.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99430.11990.26881.54530.13144.9057-0.12030.1164-0.0170.00940.09580.0140.15880.09680.02460.1234-0.03750.04560.15280.01530.2304-5.168242.3776-1.7303
217.70326.88281.343911.4868-5.53974.5664-0.1635-0.27530.45632.09110.54580.5871-1.1017-0.3255-0.38231.00560.33730.07010.8610.03140.1807-16.217148.455923.9607
34.68931.24760.23721.40.80350.66890.1166-0.5550.17250.1857-0.00580.0521-0.15580.2886-0.11080.496-0.30450.12330.3417-0.01550.2305-6.817449.233411.3517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 7
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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