[日本語] English
万見
- PDB-4lvh: Insight into highly conserved H1 subtype-specific epitopes in inf... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lvh
タイトルInsight into highly conserved H1 subtype-specific epitopes in influenza virus hemagglutinin
要素
  • Hemagglutinin
  • MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
  • MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / influenza virus / hemagglutinin / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, K.H. / Cho, K.J. / Kim, S. / Seok, J.H. / Lee, J.-H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Insight into highly conserved h1 subtype-specific epitopes in influenza virus hemagglutinin
著者: Cho, K.J. / Hong, K.W. / Kim, S.H. / Seok, J.H. / Kim, S. / Lee, J.-H. / Saelens, X. / Kim, K.H.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
C: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
D: Hemagglutinin
E: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
F: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
G: Hemagglutinin
H: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
I: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
J: Hemagglutinin
K: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
L: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)419,57216
ポリマ－419,41212
非ポリマー1604
水19811
1
A: Hemagglutinin
B: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
C: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8934
ポリマ－104,8533
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hemagglutinin
E: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
F: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8934
ポリマ－104,8533
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Hemagglutinin
H: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
I: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8934
ポリマ－104,8533
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Hemagglutinin
K: MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN
L: MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8934
ポリマ－104,8533
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.751, 237.814, 94.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 58167.086 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/KOREA/01/2009(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C5MQE6
#2: 抗体
MONOCLONAL ANTIBODY H-CHAIN


分子量: 23670.512 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab fragment, heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体
MONOCLONAL ANTIBODY L-CHAIN


分子量: 23015.395 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab fragment, light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 200mM potassium iodide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.844
11-H, -K, H+L20.156
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 73117 / Num. obs: 63466 / % possible obs: 86.8 %
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 81.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F15

4f15


解像度: 2.8→43.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.849 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.334 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2741 3244 5.1 %RANDOM
Rwork0.2317 ---
obs0.2338 63442 76.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.71 Å2 / Biso mean: 22.1224 Å2 / Biso min: 3.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.04 Å20 Å2-2.64 Å2
2---11.06 Å2-0 Å2
3---15.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20059 0 4 11 20074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0220626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2421.94228044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.4452603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.96524.065856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.666153259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1551592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.23045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02115716
LS精密化 シェル解像度: 2.804→2.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 221 -
Rwork0.153 4053 -
obs--79.77 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る