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- PDB-4lv7: Crystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lv7
タイトルCrystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase E82C/S142C
要素Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
キーワードTRANSFERASE / ipk / ins5p 2-k / atipk1 / ip5 2-k / inositol phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-1,3,4,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / phosphate ion homeostasis / intracellular phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus ...inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-1,3,4,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / phosphate ion homeostasis / intracellular phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-terminal lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gosein, V. / Miller, G.J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2013
タイトル: Conformational stability of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase (IPK1) dictates its substrate selectivity.
著者: Gosein, V. / Miller, G.J.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年10月14日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,99710
ポリマ－110,6432
非ポリマー2,3548
水00
1
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4995
ポリマ－55,3221
非ポリマー1,1774
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4995
ポリマ－55,3221
非ポリマー1,1774
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.763, 59.353, 82.232
Angle α, β, γ (deg.)83.010, 89.920, 63.410
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-1 / 3 / 4 / 5 / 6-pentakisphosphate 2-kinase / Ins(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-kinase / AtIPK1 ...Inositol-1 / 3 / 4 / 5 / 6-pentakisphosphate 2-kinase / Ins(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-kinase / AtIPK1 / InsP5 2-kinase


分子量: 55321.730 Da / 分子数: 2 / 変異: E82C, S142C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g42810, IPK1, MJB21.19 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: Q93YN9, inositol-pentakisphosphate 2-kinase
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.08M MES, 19.85% PEG3000, 0.17M NaCl, 2.35% benzamidine HCl, Protein: 5mg/mL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月4日 / 詳細: VariMax HF
放射モノクロメーター: Confocal dual reflection mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32955 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.259 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.543.40.31511660.788169.4
2.54-2.593.40.32214790.78183.7
2.59-2.643.70.28416240.786196.2
2.64-2.693.90.27716690.881195.4
2.69-2.7540.24316610.874195.7
2.75-2.8240.22116930.988196.2
2.82-2.8940.22516410.964196.1
2.89-2.9640.19517140.952196.4
2.96-3.0540.18316311.049196.5
3.05-3.1540.15417061.119196.3
3.15-3.2640.13416431.25197.6
3.26-3.3940.11816961.386197.2
3.39-3.5540.10316841.446197.2
3.55-3.7340.09317251.586197.7
3.73-3.9740.08716901.57198.1
3.97-4.273.90.07916891.742198.1
4.27-4.73.90.07316931.893198.5
4.7-5.383.90.07117301.734198.6
5.38-6.783.90.07117111.599199.1
6.78-503.90.04417101.348198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.3_473精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2XAM

2xam


解像度: 2.6→34.548 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7495 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2943 1748 6.09 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2287 28726 93.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.419 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.07 Å2 / Biso mean: 32.8169 Å2 / Biso min: 6.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9547 Å21.2256 Å2-0.3169 Å2
2---1.128 Å2-6.4045 Å2
3---0.1733 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6250 0 130 0 6380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0226506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.328795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.182530
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.69290.38141700.2862486265687
2.6929-2.80070.36541650.27932563272888
2.8007-2.92810.40411570.28522548270588
2.9281-3.08240.38971710.28042594276590
3.0824-3.27530.34351760.2572756293295
3.2753-3.5280.29681810.23152789297097
3.528-3.88260.29311800.19972801298197
3.8826-4.44340.25141840.17482802298697
4.4434-5.59440.22771830.18982803298697
5.5944-34.55110.23851810.21792836301798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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