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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lu6 | ||||||
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タイトル | Thermostabilized RebH | ||||||
要素 | Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / themrostability / halogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Poor, C.B. / Lewis, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014 タイトル: Improving the Stability and Catalyst Lifetime of the Halogenase RebH By Directed Evolution. 著者: Poor, C.B. / Andorfer, M.C. / Lewis, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lu6.cif.gz | 214.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lu6.ent.gz | 172.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lu6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62462.094 Da / 分子数: 2 / 変異: S2P, M71V, S130L, K145M, N166S, E423D, E461G, Q494R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア) 遺伝子: rebH, rbmJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHZ8, EC: 1.14.14.7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1.4M Na/K phosphate buffer, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→80 Å / Num. obs: 32506 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→75.239 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→75.239 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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